shRNA vs siRNA
Durant el procés d'interferència de l'ARN (ARNi), l'expressió d'un gen objectiu es redueix amb una alta especificitat i selectivitat. L'RNAi és un procés natural i implica un petit ARN interferent (siRNA) i un ARN de forquilla curta (shRNA) i un shRNA bifuncional. Actualment, l'RNAi s'utilitza àmpliament com a eina per a la teràpia personalitzada del càncer. Les aplicacions de l'ARNi es fan bàsicament amb les molècules de siRNA de doble cadena sintetitzades químicament i les molècules de shRNA basades en vectors. Tot i que aquestes dues molècules tenen resultats funcionals similars, difereixen en la seva estructura; per tant, els mecanismes moleculars d'acció, les vies de l'ARN i els efectes fora de l'objectiu d'aquestes dues molècules també difereixen.
shRNA
shRNA és una seqüència de molècula d'ARN petita que fa un gir ajustat que es pot utilitzar per silenciar l'expressió d'un gen objectiu durant l'ARNi. L'expressió de l'shRNA s'aconsegueix mitjançant un vector, que pot ser un virus o un bacteri o mitjançant el lliurament de plasmidis. Es sintetitzen al nucli de les cèl·lules i es transporten al citoplasma per a processos posteriors. Aquestes molècules tenen vies de maduració similars del miRNA; per tant, la síntesi de miRNA ha proporcionat les bases per entendre la síntesi de shRNA. L'ARN polimerasa II o III pot transcriure shRNA mitjançant promotors de l'ARN polimerasa II o III. L'avantatge de l'ús de shRNAs és que tenen una taxa de degradació i rotació relativament baixa. El desavantatge és que necessita un vector d'expressió, cosa que pot provocar alguns problemes de seguretat.
siRNA
Els siRNA són molècules d'ARN de doble cadena compostes per 20-25 parells de bases de longitud. S'utilitzen per a la supressió gènica silenciant qualsevol gen amb seqüència de nucleòtids complementària a la via de l'ARNi. La derrota gènica per transfecció de siRNA sovint no té èxit a causa de l'efecte transitori; sobretot en cèl·lules que es divideixen ràpidament i la supressió no duren més. Per superar aquest problema, el siRNA es modifica introduint una estructura curta de forquilla. Aquesta molècula modificada llavors es coneix com a shRNA. L'shRNA s'ha de convertir en siRNA per un Dicer per tal de continuar amb la seva funció normal.
Quina diferència hi ha entre shRNA i siRNA?
• A diferència del siRNA, l'shRNA té una estructura extra de forquilla. shRNA és una versió modificada de siRNA.
• shRNA requereix un vector d'expressió, mentre que siRNA no.
• L'shRNA es pot utilitzar per a la derrota a llarg termini, mentre que el siRNA només es pot utilitzar per a la derrota de gens a curt termini.
• A diferència de la supressió gènica del siRNA, la supressió del shRNA és de llarga durada i, si s'insereix mitjançant un vector viral adequat, pot produir efectes permanents de silenciament gènic.
• Es necessita Dicer per convertir l'shRNA de nou en molècula de siRNA per tal d'executar les seves funcions normals.
