La diferència clau entre FASTA i FASTQ és que FASTA és un format basat en text que només emmagatzema seqüències de nucleòtids o proteïnes, mentre que FASTQ és un format basat en text que emmagatzema tant la seqüència com els valors de qualitat de la seqüència associats.
La bioinformàtica és un camp que utilitza diferents programes per analitzar i comprendre dades biològiques, especialment quan el conjunt de dades és complex i gran. Aquest camp combina la biologia, la química, la física, la informàtica, l'enginyeria de la informació, les matemàtiques i l'estadística per analitzar i interpretar dades biològiques. FASTA i FASTQ són dos formats de representació de seqüències en el camp de la bioinformàtica per alinear i analitzar seqüències. De fet, FASTQ és un format de fitxer de seqüència que amplia el format FASTA amb la possibilitat d'emmagatzemar la qualitat de la seqüència.
Què és FASTA?
FASTA és un programari d'alineació per a la seqüència d'ADN i proteïnes. El programari FASTA utilitza el format FASTA. És un format basat en text que representa o bé seqüències de nucleòtids o seqüències d'aminoàcids (proteïnes). Aquí, els codis d'una sola lletra representen aquestes dues seqüències. FASTA és una eina important en els camps de la bioinformàtica i la bioquímica. Aquest format permet que els noms i els comentaris de les seqüències precedeixin les seqüències.
Figura 01: seqüència FASTA
Aquest format es va originar a partir del programari FASTA i va ser introduït per David J. Lipmann i William R. Pearson el 1985. L'eina FASTA va tenir moltes modificacions al llarg del temps, i la darrera versió consta de programes per proteïna:proteïna, DNA:ADN, proteïna:ADN traduït (amb canvis de marc) i cerques de pèptids ordenades o no ordenades. FASTA llegeix una seqüència de nucleòtids o d'aminoàcids determinada i cerca la base de dades de seqüències corresponent utilitzant l'alineació de seqüències locals per trobar coincidències de seqüències de bases de dades similars.
Què és FASTQ?
FASTQ és un programari d'alineació utilitzat en el camp de la bioinformàtica, que emmagatzema tant una seqüència biològica (normalment una seqüència de nucleòtids) com les seves corresponents puntuacions de qualitat. FASTQ es va desenvolupar originalment per agrupar una seqüència amb format FASTA i les dades de qualitat relacionades pel Wellcome Trust Sanger Institute. Amb el desenvolupament en el camp de la bioinformàtica, FASTQ es va convertir en l'estàndard de facto per emmagatzemar la sortida de molts instruments de seqüenciació d' alt rendiment.
El format FASTQ utilitza quatre línies diferents per seqüència. La línia 1 comença amb el caràcter @ i va seguida d'un identificador de seqüència (similar a una línia de títol FASTA). La línia 2 consta de lletres de seqüència en brut. A la línia 3, la seqüència comença amb un caràcter "+" i, opcionalment, la segueix el mateix identificador de seqüència. La línia 4 codifica els valors de qualitat de la seqüència de la línia 2 i hauria de constar del mateix nombre de símbols que lletres de la seqüència.
Quines similituds hi ha entre FASTA i FASTQ?
- FASTA i FASTQ són eines d'alineació.
- Són dos formats de representació de seqüències.
- Tots dos estan relacionats amb el camp de la bioinformàtica.
- Tant FAST com FASTQ són eines importants per a l'emmagatzematge i la seqüenciació.
- FASTQ és una extensió del format FASTA amb la possibilitat d'emmagatzemar la qualitat de la seqüència.
Quina diferència hi ha entre FASTA i FASTQ?
FASTA és un format basat en text que només emmagatzema seqüències de nucleòtids o proteïnes, mentre que FASTQ és un format basat en text que emmagatzema tant valors de qualitat de seqüències com de seqüències associades. Per tant, aquesta és la diferència clau entre FASTA i FASTQ. A més, FASTA emmagatzema fragments de seqüència després de ser mapejat, mentre que FASTQ emmagatzema fragments de seqüència abans de mapejar. A més, una altra diferència entre FASTA i FASTQ és que FASTA consta d'una línia de descripció i FASTAQ consta de quatre línies.
La infografia següent presenta les diferències entre FASTA i FASTQ en forma de taula per a una comparació de costat.
Resum: FASTA vs FASTQ
La bioinformàtica utilitza diferents formats de seqüències com FASTA i FASTQ, etc. FASTA emmagatzema fragments de seqüències després de ser mapejats mentre FASTQ emmagatzema els fragments de seqüències abans de mapejar. FASTA és un programari d'alineació per a la seqüència d'ADN i proteïnes. Consisteix en programes per a proteïna:proteïna, ADN:ADN, proteïna:ADN traduït (amb canvis de marc) i cerques de pèptids ordenades o no ordenades. FASTQ és un programari d'alineació utilitzat en el camp de la bioinformàtica i emmagatzema tant una seqüència biològica (normalment una seqüència de nucleòtids) com les seves corresponents puntuacions de qualitat. FASTA consta d'una línia de descripció i FASTQ consta de quatre línies. Així doncs, això resumeix la diferència entre FASTA i FASTQ.
