La diferència clau entre BLAST i FastA és que BLAST és una eina d'alineació bàsica disponible al lloc web del Centre Nacional d'Informació Biotecnològica, mentre que FastA és una eina de cerca de semblances disponible al lloc web de l'Institut Europeu de Bioinformàtica.
BLAST i FastA són dos programes que s'utilitzen àmpliament per comparar seqüències biològiques d'ADN, aminoàcids, proteïnes i nucleòtids de diferents espècies i buscar les seves similituds. Aquests algorismes es van escriure tenint en compte la velocitat. Perquè, quan els científics van poder aïllar l'ADN al laboratori a mitjans de la dècada de 1980, va plantejar la necessitat de comparar i trobar gens idèntics per a més investigacions a gran velocitat. Per tant, aquests dos programes s'han desenvolupat de manera que l'usuari pugui fer una cerca ràpida de seqüències similars amb la de les seves seqüències de consulta.
BLAST és l'acrònim de l'eina de cerca d'alineació local bàsica i utilitza l'enfocament localitzat per comparar les dues seqüències. FastA és un programari que fa referència a Fast A on A significa Tots. Aquí, el programari funciona amb alfabets com Fast A per a la seqüenciació d'ADN i Fast P per a proteïnes. Tant BLAST com FastA són molt ràpids a l'hora de comparar qualsevol base de dades del genoma i, per tant, són molt viables tant econòmicament com en estalvi de temps.
Què és BLAST?
BLAST és un dels programes de bioinformàtica més utilitzats que es va desenvolupar l'any 1990. Des de llavors, està disponible per a tothom al lloc de l'NCBI. A més, qualsevol persona pot accedir a aquest programari i utilitzar-lo. A més, BLAST és un programari que necessita dades d'entrada o seqüències en format FastA. Però, ofereix dades de sortida en format text senzill, HTML o XML. BLAST treballa amb un principi de cerca de similituds localitzades entre dues seqüències i una llista breu de seqüències similars i, després, cerca similituds de barri.
Figura 01: resultats BLAST
Així, aquest programari cerca un gran nombre de regions locals similars i dóna el resultat en assolir un valor llindar. Tanmateix, aquest procés difereix del programari anterior, que primer cerca tota la seqüència i després fa la comparació i, per tant, va trigar molt de temps.
A part de la comprovació de similitud anterior, BLAST té molts altres usos, com ara el mapeig d'ADN, comparar dos gens idèntics en espècies diferents, crear un arbre filogenètic, etc.
Què és FastA?
FastA és un programari d'alineació de seqüències de proteïnes. David J. Lipman i William R. Pearson van descriure aquest programari l'any 1985. Encara que l'ús inicial d'aquest programari només era comparar les seqüències de proteïnes, la versió modificada també va poder comparar seqüències d'ADN. Aquí, aquest programari utilitza el principi de trobar la similitud entre dues seqüències estadísticament. Coincideix una seqüència d'ADN o proteïna amb una altra seqüència mitjançant el mètode d'alineació de seqüències locals.
Figura 02: FastA
No obstant això, cerca les regions locals per semblança, però no la millor coincidència entre dues seqüències. Com que aquest programari compara semblances localitzades de vegades, també pot produir desajustos. En una seqüència, FastA pren una petita part coneguda com a k-tuples, on les tuples poden ser d'1 a 6 i coincideixen amb les k-tuples de l' altra seqüència. Al final del procés de concordança, quan arriba a un valor llindar, produeix el resultat.
Quines similituds hi ha entre BLAST i FastA?
- BLAST i FastA són eines bioinformàtiques que s'utilitzen per comparar seqüències de proteïnes i d'ADN per trobar semblances.
- A més, ambdós programes utilitzen una estratègia de puntuació per fer comparacions entre les seqüències.
- A més, ambdues eines produeixen resultats molt precisos.
Quina diferència hi ha entre BLAST i FastA?
BLAST és una eina per comprovar la similitud entre seqüències biològiques. D' altra banda, FastA és un altre programa que facilita la comprovació de similitud de seqüències de proteïnes i ADN. Tanmateix, en comparació amb FastA, el programari BLAST és molt popular ja que produeix resultats més precisos i ràpids. Per tant, aquesta és la diferència entre BLAST i FastA. A més, a diferència de FastA, el programa BLAST és modificable segons la necessitat de l'usuari. Per tant, aquesta és una altra diferència entre BLAST i FastA.
La infografia següent sobre la diferència entre BLAST i FastA ofereix més detalls.
Resum: BLAST vs FastA
BLAST i FastA són dos programes que permeten a l'usuari comparar la seva seqüència de consulta amb les seqüències de les bases de dades existents i comprovar les similituds. El propòsit inicial de FastA era comparar només seqüències de proteïnes. Però, la versió modificada d'aquest programari facilita les comparacions de proteïnes i seqüències d'ADN. Tot i que FastA és un bon programari, la majoria de la gent utilitza l'eina d'alineació BLAST, ja que és més popular i produeix resultats més precisos i ràpids que FastA. A més, l'eina BLAST es pot modificar segons els requisits de l'usuari. En resum, això resumeix la diferència entre BLAST i FastA.
