La diferència clau entre la seqüenciació d'escopeta jeràrquica i del genoma sencer és que en la seqüenciació jeràrquica d'escopeta, el genoma es trenca en fragments més grans abans de la seqüenciació, mentre que, en la seqüenciació d'escopeta del genoma sencer, el genoma sencer es trenca en petits fragments per a la seqüenciació..
La seqüenciació és una tècnica important en els processos moleculars, especialment en la identificació precisa d'espècies. De fet, és la tècnica d'identificar l'ordre precís dels nucleòtids en un gen o un genoma. Hi ha moltes tècniques per a la seqüenciació. Alguns d'aquests inclouen el mètode Maxam Gilbert, el mètode Sanger i el mètode Sanger automatitzat.
Què és la seqüenciació jeràrquica d'escopeta?
La seqüenciació jeràrquica d'escopeta és un mètode de seqüenciació. També s'anomena "seqüenciació de d alt a baix". A més, aquest mètode consta de dos passos: el primer pas és l'amplificació del genoma i el segon pas és la fragmentació del genoma. En aquest mètode, primer es talla el genoma en grans fragments. El segueix la clonació d'aquests grans fragments en diversos hostes mitjançant vectors o cromosomes artificials. Aleshores, aquests vectors recombinants s'organitzen en una biblioteca. Durant la seqüenciació de l'escopeta, els clons de vectors recombinants se sotmeten a una seqüenciació individual. Els fragments dels clons se sotmeten a una digestió de restricció per reduir encara més la mida del genoma i, per tant, es sotmeten a una seqüenciació.
Figura 01: seqüenciació jeràrquica d'escopeta
Durant la seqüenciació jeràrquica de l'escopeta, els grans trossos de fragments s'han d'ordenar en ordre, abans de la seqüenciació de l'escopeta. Es realitza amb l'ajuda dels marcadors moleculars que s'incorporen durant el procés de clonació.
La seqüenciació jeràrquica d'escopeta crea un mapa genètic de baixa resolució. Però crea un mapa de seqüències ordenades. Per tant, es necessita una durada més llarga que la seqüenciació directa. Tot el procés es retarda a causa de la creació d'una biblioteca de vectors recombinants. També és una tècnica intensiva en mà d'obra. Tanmateix, actualment, la tècnica està automatitzada per facilitar el treball.
Què és la seqüenciació d'escopeta del genoma sencer?
La seqüenciació d'escopeta del genoma sencer és un procés de seqüenciació d'un sol pas. En aquest procés, primer es produeix tota la cisalla del genoma. Després d'això, cadascun d'aquests petits fragments es sotmet a una seqüenciació aleatòria. Un cop finalitzada la seqüenciació, es realitza l'anàlisi de seqüències. Durant l'anàlisi de seqüències, les seqüències superposades s'eliminen i l'anàlisi no és un procés ordenat. Per tant, el muntatge de seqüències és un procés menys eficient en comparació amb la seqüenciació jeràrquica d'escopeta. Tanmateix, el procés de seqüenciació de l'escopeta del genoma sencer és més ràpid i l'anàlisi de tot el genoma es pot dur a terme en una sola instància.
Quines són les similituds entre la seqüenciació d'escopeta jeràrquica i del genoma sencer?
- La seqüenciació jeràrquica i del genoma sencer són dos enfocaments de seqüenciació.
- Tots dos se sotmeten a seqüenciació Sanger o mètodes de seqüenciació Sanger automatitzats.
- Participen en la seqüenciació de fragments d'ADN i ARN.
- A més, tots dos mètodes són importants per al diagnòstic molecular i amb finalitats d'investigació.
- En l'actualitat, ambdues tècniques estan automatitzades o es basen en ordinador.
- Les dues tècniques es basen en la fragmentació del genoma.
Quina diferència hi ha entre la seqüenciació d'escopeta jeràrquica i del genoma sencer?
La seqüenciació jeràrquica d'escopeta genera fragments de mida més gran en comparació amb la seqüenciació d'escopeta de genoma sencer, que funciona amb petits fragments de seqüències. Per tant, aquesta és la diferència clau entre la seqüenciació jeràrquica i del genoma sencer. A més, la seqüenciació jeràrquica de l'escopeta consta de dos passos principals, mentre que la seqüenciació de l'escopeta de tot el genoma es basa en un pas important.
A més, una altra diferència entre la seqüenciació d'escopeta jeràrquica i del genoma sencer és que la resolució és més alta en la seqüenciació d'escopeta de genoma sencer en comparació amb la seqüenciació jeràrquica d'escopeta.
La infografia següent resumeix la diferència entre la seqüenciació jeràrquica i del genoma sencer.
Resum: seqüenciació d'escopeta jeràrquica vs genoma sencer
La seqüenciació jeràrquica i del genoma sencer són dues tècniques per seqüenciar genomes grans. La seqüència d'escopeta jeràrquica és un procés de seqüenciació de dos passos on el genoma es trenca en fragments més grans. En canvi, la seqüenciació de l'escopeta de tot el genoma és una seqüenciació d'un sol pas on el genoma es trenca en petits fragments i es seqüencia directament. Per tant, aquesta és la diferència clau entre la seqüenciació d'escopeta jeràrquica i del genoma sencer. A més, els aspectes tècnics poden variar entre les dues tècniques.
