La diferència clau entre la seqüenciació d'escopeta i la seqüenciació de pròxima generació és que la seqüenciació d'escopeta és un mètode de seqüenciació que trenca aleatòriament les seqüències d'ADN en molts fragments petits i torna a muntar la seqüència observant les regions superposades mentre seqüencia la propera generació (NGS) és un mètode avançat de seqüenciació genètica que depèn de l'electroforesi capil·lar.
La seqüenciació és el procés que determina l'ordre precís dels nucleòtids en un gen, un grup de gens, un cromosoma i un genoma complet. És molt important en estudis genòmics, estudis forenses, virologia, sistemàtica biològica, diagnòstic mèdic, biotecnologia i en molts altres camps analitzar l'estructura i funció dels gens i la identificació d'organismes. A més, hi ha diferents tipus de mètodes de seqüenciació disponibles. La seqüenciació d'escopeta i la seqüenciació de nova generació són dos mètodes avançats entre ells.
Què és la seqüenciació d'escopetes?
La seqüenciació amb escopeta és un mètode de seqüenciació que trenca aleatòriament seqüències d'ADN de tot el cromosoma o del genoma sencer en molts fragments petits i torna a muntar les seqüències mitjançant ordinadors mitjançant l'observació de les seqüències o regions superposades. En general, els genomes dels mamífers són estructuralment complexos i de mida més gran. Per tant, són difícils de seqüenciar mitjançant la clonació, ja que requereix molt de temps. La seqüenciació d'escopeta és un mètode més ràpid. També és més barat de dur a terme. Per tant, els científics moderns confien en el mètode de seqüenciació d'escopeta per abordar genomes complexos.
Figura 01: seqüenciació d'escopeta
El procediment de seqüenciació d'escopeta és relativament senzill. Comença amb la fragmentació de tot el genoma en mides variables, des de bases de 20 quilos fins a bases de 300 quilos. A continuació, tots i cadascun dels fragments s'han de seqüenciar mitjançant el mètode de terminació de cadena. Després de la seqüenciació, cal muntar els fragments mirant les regions superposades mitjançant un programari informàtic sofisticat. El mapeig convencional i la clonació de seqüències no són necessaris per a aquest mètode. A més, l'ús del mapa genètic no té lloc en aquest mètode. Tanmateix, com que no s'utilitzen mapes del genoma existents, és més probable que es produeixin errors durant el muntatge. És un dels principals inconvenients d'aquest mètode. A més, els fragments més curts proporcionen menys informació única per a cada lectura en aquest mètode. A més, la seqüenciació d'escopeta no produeix prou dades per determinar una seqüència de consens amb l'estàndard de precisió requerit.
Tot i tenir els inconvenients esmentats anteriorment, el mètode de seqüenciació amb escopeta és actualment l'estratègia més eficient i rendible per seqüenciar genomes microbians, inclosos bacteris, virus i llevats. És perquè els seus genomes no tenen regions repetitives que són difícils de seqüenciar, i és possible reunir aquests genomes fàcilment en cromosomes sense errors.
Què és la seqüenciació de nova generació?
La seqüenciació de nova generació (NGS) és un terme que s'utilitza per referir-se als processos moderns de seqüenciació d' alt rendiment. Descriu diverses tecnologies modernes de seqüenciació que van revolucionar els estudis genòmics i la biologia molecular. Aquestes tècniques inclouen la seqüenciació Illumina, la seqüenciació Roche 454, la seqüenciació de protons iònics i la seqüenciació SOLiD (seqüenciació per detecció de lligadura d'oligo). Els sistemes NGS són més ràpids i econòmics. En els sistemes NGS s'utilitzen quatre mètodes principals de seqüenciació d'ADN: piroseqüenciació, seqüenciació per síntesi, seqüenciació per lligament i seqüenciació de semiconductors d'ions. Un gran nombre de cadenes d'ADN o ARN (milions de) es poden seqüenciar en paral·lel mitjançant NGS. Permet la seqüenciació de tot el genoma dels organismes en un període de temps curt.
Figura 02: seqüenciació de nova generació
NGS té diferents avantatges. És un procés d' alta velocitat, més precís i rendible que es pot realitzar amb una mida de mostra petita. Per tant, permet l'anàlisi de tot el genoma humà en un sol experiment de seqüenciació. A més, NGS es pot utilitzar en estudis metagenòmics, en la detecció de variacions dins d'un genoma individual a causa d'insercions i supressions, etc., i en l'anàlisi d'expressions gèniques. A més, NGS pot analitzar transcriptomes sencers d'un gran nombre de teixits simultàniament. Per tant, NGS ha revolucionat l'anàlisi dels transcriptomes.
Quines similituds hi ha entre la seqüenciació d'escopeta i la seqüenciació de nova generació?
- La seqüenciació d'escopeta i la seqüenciació de pròxima generació són dos mètodes de seqüenciació del genoma.
- Ambdós mètodes són mètodes ràpids.
- A més, són mètodes rendibles.
- Poden seqüenciar molts fragments d'ADN en paral·lel.
Quina diferència hi ha entre la seqüenciació d'escopeta i la seqüenciació de nova generació?
La seqüenciació d'escopeta i la seqüenciació de nova generació són dues tècniques de seqüenciació avançades. El mètode de seqüenciació d'escopeta trenca aleatòriament les seqüències d'ADN de tot el cromosoma o del genoma sencer en molts fragments petits i torna a muntar les seqüències mitjançant ordinadors mitjançant l'observació de les seqüències o regions superposades. En canvi, Next Generation Sequencing (NGS) és un terme que fa referència als processos moderns de seqüenciació d' alt rendiment. Per tant, aquesta és la diferència clau entre la seqüenciació d'escopeta i la seqüenciació de nova generació. A més, la seqüenciació de nova generació és una tècnica que depèn de l'electroforesi capil·lar, mentre que la seqüenciació d'escopeta no depèn. Per tant, aquesta també és una diferència entre la seqüenciació d'escopeta i la seqüenciació de pròxima generació. A més, en comparació amb la seqüenciació d'escopeta, la seqüenciació de nova generació és molt sensible i molt precisa.
Resum: seqüenciació d'escopeta vs seqüenciació de pròxima generació
La seqüenciació d'escopeta i la seqüenciació de pròxima generació són dos mètodes de seqüenciació utilitzats en la seqüenciació del genoma. Tots dos mètodes són mètodes ràpids i rendibles. NGS treballa sobre el principi de seqüenciar milions de seqüències simultàniament de manera ràpida mitjançant un sistema de seqüenciació. En canvi, la seqüenciació d'escopeta requereix trencar els genomes en petits fragments i seqüenciar i tornar a muntar mitjançant seqüències superposades. Així doncs, això resumeix la diferència entre la seqüenciació d'escopeta i la seqüenciació de nova generació.
