La diferència clau entre la seqüenciació clon a clon i la seqüenciació d'escopeta rau en el seu mètode de conducta. El mètode de seqüenciació clon per clon implica el mapeig de cromosomes i la clonació abans de la seqüenciació, mentre que la seqüenciació de clon per escopeta omet els passos de mapeig i clonació de cromosomes durant la seqüenciació.
La seqüenciació clon per clon i la seqüenciació clon per escopeta són dos mètodes de seqüenciació del genoma actual. La seqüenciació clon a clon és un mètode de seqüenciació més fiable. Tanmateix, el mètode de clonació per seqüenciació d'escopeta és més ràpid i barat. L'article se centra en la subtil diferència entre la seqüenciació clon per clon i la seqüenciació d'escopeta.
Què és la seqüenciació clon per clon?
La seqüenciació clon per clon és un mètode de seqüenciació del genoma. Requereix el mapeig de cada cromosoma abans de la divisió de l'ADN. Després del mapeig, l'ADN s'ha de descompondre en fragments de 150 quilobases de llarg. Aquests fragments estan a punt per a la seqüenciació. El següent pas és la inserció de fragments d'ADN als cromosomes artificials bacterians (BAC) i després a les cèl·lules bacterianes. Com que els fragments es troben ara dins de les cèl·lules bacterianes, cada vegada que els bacteris es divideixen, els fragments d'ADN inserits també es divideixen i produeixen moltes còpies idèntiques. A continuació, l'ADN del clon bacterià individual es fragmenta en fragments llargs de 500 parells de bases. Són fragments més petits i superposats. A continuació, la seqüenciació té lloc amb la inserció d'aquests fragments en un vector amb una seqüència d'ADN coneguda. A partir de la seqüència coneguda del vector, la seqüenciació continua fins a la seqüència desconeguda.
Un cop acabada la seqüenciació, cal identificar les zones de seqüències superposades. A continuació, es produeix la unió dels fragments per formar els fragments més grans presentats inicialment als BAC. A continuació, l'acoblament de fragments més grans al cromosoma té lloc segons el mapa del genoma.
Figura 01: seqüenciació clon per clon
L'avantatge significatiu de la seqüenciació clon per clon és que el mapa del genoma prepreparat ajuda a un muntatge fiable de fragments més grans. Però, l'inconvenient d'aquest mètode de seqüenciació és que generar mapes del genoma i fer clons requereix molt de temps. Tanmateix, aquest va ser el mètode preferit durant el "Projecte del genoma humà".
Què és la clonació per seqüenciació d'escopeta?
La seqüenciació de clons amb escopeta és un mètode de seqüenciació que trenca aleatòriament seqüències d'ADN en molts fragments petits i torna a muntar la seqüència observant les regions superposades. Els genomes de mamífers més grans són difícils de clonar la seqüència i muntar. Es deu a la seva complexitat estructural i mida. Tot i que el mètode de seqüenciació clon per clon és fiable, es necessita molt de temps per seqüenciar genomes d'organismes complexos. Per tant, la seqüenciació de clons per escopeta s'ha convertit en un mètode de seqüenciació més barat i fiable que es pot realitzar més ràpidament. Per tant, els científics moderns confien en aquest mètode de seqüenciació per abordar genomes complexos.
Figura 02: clonació per seqüenciació d'escopeta
Durant el mètode de seqüenciació de la clonació amb escopeta, no hi ha cap pas convencional de mapeig del genoma ni de clonació. Inicialment, tot el genoma està fragmentat en mides variables des de 20 quilobases fins a 300 quilobases. A continuació, té lloc la seqüenciació. Aleshores, utilitzant un sofisticat programari informàtic, cal reunir els fragments mirant les regions superposades.
La seqüenciació Clona amb escopeta ajuda a millorar la precisió de les seqüències del genoma existents. El principal avantatge d'aquest mètode és que és molt més ràpid i menys costós que el mètode de seqüenciació clon per clon. Tanmateix, aquest procés no implica l'ús d'un mapa genètic. Per tant, és més probable que es produeixin errors durant el muntatge. Per tant, aquest és un desavantatge important en el mètode de seqüenciació de clons per escopeta.
Quines similituds hi ha entre la seqüenciació clon per clon i la seqüenciació d'escopeta?
- Tant la seqüenciació clon per clon com la seqüenciació amb escopeta són dos mètodes de seqüenciació del genoma.
- Durant ambdues tècniques de seqüenciació, el muntatge de fragments desglossats es realitza mitjançant la identificació de regions superposades.
- A més, la descomposició de l'ADN en fragments més petits és necessària tant per a la seqüenciació de clons com d'escopeta.
Quina diferència hi ha entre la seqüenciació clon per clon i la seqüenciació d'escopeta?
La tècnica de seqüenciació clon per clon implica dos passos principals: mapeig de cromosomes i clonació. En canvi, la seqüenciació clon per escopeta no segueix aquests dos passos; trenca aleatòriament les seqüències d'ADN en molts petits fragments i torna a muntar la seqüència observant les regions superposades. Per tant, aquesta és la diferència clau entre la seqüenciació clon per clon i la seqüenciació d'escopeta. A causa d'aquest factor, la seqüenciació clon per clon és un procés costós i que requereix temps, mentre que la seqüenciació clon per escopeta és més ràpida i barata.
No obstant això, és menys probable que es produeixin errors durant el muntatge durant la seqüenciació clon per clon. Per tant, té una alta fiabilitat. Tanmateix, la seqüenciació de clons per escopeta és comparativament una tècnica menys fiable. Per tant, aquesta també és una diferència significativa entre la seqüenciació clon per clon i la seqüenciació d'escopeta.
El següent gràfic informatiu presenta més informació sobre la diferència entre la seqüenciació clon per clon i la seqüenciació d'escopeta.
Resum: seqüenciació clon per clon vs seqüenciació d'escopeta
En resumir la diferència entre la seqüenciació clon a clon i la seqüenciació amb escopeta, la seqüenciació clon per clon i la seqüenciació amb escopeta són dos mètodes de seqüenciació del genoma. Tanmateix, la tècnica de seqüenciació clon per clon implica tant processos de mapeig del genoma com de clonació, mentre que la seqüenciació clon per escopeta no ho fa. Per tant, aquesta és la diferència clau entre la seqüenciació clon per clon i la seqüenciació d'escopeta. Com que el mapeig del genoma té lloc durant la seqüenciació clon per clon, és menys probable que es produeixin errors durant el muntatge de seqüències. Però, la seqüenciació de clons per escopeta és un procés molt més ràpid i barat. No obstant això, és comparativament menys fiable. La seqüenciació clon a clon va ser el mètode de seqüenciació preferit durant el "Projecte del genoma humà". Però, el biòleg molecular actual es basa més en la seqüenciació de clons mitjançant escopeta.
