Diferència clau: seqüenciació d'exoma vs ARN
La seqüenciació d'àcids nucleics és la tècnica que determina l'ordre dels nucleòtids en un fragment determinat d'ADN o ARN d'un organisme. La seqüenciació és important per identificar la composició d'ADN i ARN de la cèl·lula i distingir certs gens que codifiquen proteïnes funcionals; així, la seqüenciació es pot utilitzar per entendre les mutacions d'aquests gens i les expressions gèniques. El mètode de seqüenciació Sanger o els mètodes de seqüenciació de la propera generació més avançats són els mètodes de seqüenciació que s'utilitzen habitualment. La seqüenciació d'exomes és la seqüenciació del conjunt complet d'exons o regions d'ADN codificants presents en un organisme, mentre que la seqüenciació de l'ARN és el procediment de seqüenciació dels àcids ribonucleics (ARN). Aquesta és la diferència clau entre la seqüenciació de l'exoma i l'ARN.
Què és la seqüenciació d'exoma?
L'exoma és un subconjunt del genoma que consisteix en els gens codificants d'un organisme concret. Els gens codificants s'anomenen com a exons i es transcriuen a ARNm i després es tradueixen a seqüències d'aminoàcids. Durant les modificacions post-transcripcionals, el mecanisme d'empalmament de l'ARN en eucariotes elimina els introns (regions no codificants) i els exons romanen. Hi ha dues tècniques principals en les quals es fa la seqüenciació d'exoma: basada en solució i basada en matriu.
En la seqüenciació d'exoma basada en solució, les mostres d'ADN es fragmenten mitjançant enzims de restricció o mètodes mecànics i es desnaturalitzen per calor. En aquesta tècnica, s'utilitzen sondes d'oligonucleòtids biotinilats (esquers) per hibridar selectivament amb regions diana del genoma. Per al pas d'unió s'utilitzen perles d'estreptavidina magnètica. La unió va seguida d'un pas de rentat on es renten les seqüències no lligades i no dirigides. A continuació, els objectius lligats s'amplifiquen mitjançant la reacció en cadena de la polimerasa (PCR) i després es seqüencian mitjançant tècniques de seqüenciació de Sanger o de seqüenciació de nova generació.
Figura 01: seqüenciació de l'exoma
El mètode basat en matriu també és similar al mètode basat en solució, excepte que els fragments d'ADN es capturen en un micromatriu i, a continuació, segueixen els passos d'unió i rentat abans de seqüenciar-los.
La seqüenciació d'exomes s'utilitza en moltes aplicacions, com ara el diagnòstic genètic de mal alties, la teràpia gènica, la identificació de nous marcadors genètics, l'agricultura per identificar diversos trets agronòmics beneficiosos i els procediments de millora vegetal.
Què és la seqüenciació d'ARN?
La seqüenciació de RNA es basa en el transcriptoma, que és les transcripcions completes de la cèl·lula. Els objectius clau de la seqüenciació de l'ARN són catalogar totes les espècies de la transcripció, incloent l'ARNm, l'ARN no codificant i l'ARN petit, per determinar l'estructura transcripcional dels gens i quantificar els nivells d'expressió de cada transcripció durant el desenvolupament. Durant la seqüenciació de l'ARN, les tecnologies d'hibridació (que eren ADN complementari derivat de seqüències d'ARNm madures) es van utilitzar inicialment per a la seqüenciació. Actualment, s'utilitza una tècnica de processament més precisa i avançada per a la seqüenciació de l'ARN.
Figura 02: Seqüenciació de l'ARN
En la seqüenciació d'ARN, una mostra d'ARN que pot ser ARN total o ARN fraccionat es converteix en el seu ADN complementari (ADNc) mitjançant la transcripció inversa i es prepara una biblioteca d'ADNc. Cada fragment d'ADNc s'uneix als adaptadors a banda i banda (seqüenciació d'extrem de parells) o a un costat (seqüenciació d'un sol extrem). Aquestes seqüències etiquetades es seqüencian mitjançant la seqüenciació Sanger o la propera generació, com ara la seqüenciació d'exoma.
Quines similituds hi ha entre la seqüenciació de l'exoma i l'ARN?
- Es poden utilitzar fragments breus seleccionats o tot el conjunt d'ADN/ARN per a la seqüenciació de l'exoma o l'ARN.
- Els fragments seqüenciats es conserven a les biblioteques.
- Es pot utilitzar la seqüenciacióSanger o la seqüenciació de pròxima generació.
- Tots dos són mètodes de seqüenciació in vitro.
- Els fragments seqüenciats es poden determinar mitjançant etiquetes fluorescents.
Quina diferència hi ha entre la seqüenciació de l'exoma i l'ARN?
Exoma vs seqüenciació d'ARN |
|
| La seqüenciació d'exomes és la seqüenciació del conjunt complet d'exons o regions d'ADN codificants presents en un organisme. | La seqüenciació RNA fa referència al procediment de seqüenciació dels àcids ribonucleics (ARN); el transcriptoma. |
| Mostra inicial | |
| ADN genòmic és la mostra inicial de la seqüenciació de l'exoma. | ARN és la mostra inicial de la seqüenciació d'ARN. |
| Composició | |
| Això conté només regions codificants de l'ADN total conegudes com a exons | Això conté ARN-ARNm/transcriptoma. |
| Seqüenciació | |
| Hi ha dos mètodes principals de seqüenciació de l'exoma; tecnologies basades en solucions i matrius. | La seqüenciació de RNA es fa mitjançant la preparació d'una biblioteca d'ADNc extraient l'ARN total o l'ARN fragmentat. |
Resum: exoma vs seqüenciació d'ARN
Exoma és el conjunt complet de regions codificants d'un organisme i les tècniques implicades en la determinació de l'ordre exacte dels nucleòtids de l'exoma es coneixen com a seqüenciació de l'exoma. La seqüenciació de l'ARN és la tècnica implicada en la determinació de l'ordre de nucleòtids de l'ARN d'un organisme. Aquesta és la diferència entre la seqüenciació de l'exoma i l'ARN.
Baixa la versió PDF de la seqüenciació d'Exome vs ARN
Podeu baixar la versió PDF d'aquest article i utilitzar-la per a finalitats fora de línia segons la nota de citació. Si us plau, descarregueu la versió PDF aquí Diferència entre l'exoma i la seqüenciació d'ARN
