La diferència clau entre l'homologia i la similitud en bioinformàtica és que l'homologia es refereix a una afirmació sobre l'ascendència evolutiva comuna de dues seqüències, mentre que la similitud fa referència al grau de semblança entre dues seqüències.
La bioinformàtica és un camp de la ciència que combina la biologia, l'enginyeria de la informació, la informàtica, les matemàtiques i l'estadística per analitzar i interpretar dades biològiques. Homologia i semblança són dos termes que fem servir en el camp de la bioinformàtica. Podem calcular fàcilment la similitud com a percentatge de residus similars en una longitud determinada de l'alineació. Tanmateix, no podem calcular l'homologia ja que pot ser vertadera o falsa i normalment depèn de la hipòtesi utilitzada.
Què és l'homologia en bioinformàtica?
L'homologia en bioinformàtica fa referència a l'homologia biològica entre seqüències d'ADN, ARN i proteïnes que es defineixen en termes de propietats ancestrals compartides en l'arbre evolutiu de la vida. En altres paraules, és l'ascendència evolutiva comuna de dues seqüències. El motiu d'aquesta ocurrència pot ser degut a esdeveniments d'especiació (ortòlegs), esdeveniments de transferència de gens horitzontals (xenòlegs) o esdeveniments de duplicació (paràlegs).
Figura 01: Alineació de múltiples seqüències
És possible deduir l'homologia entre ADN, ARN o proteïnes per la seva similitud de seqüència d'aminoàcids o nucleòtids. Una similitud significativa serveix com a propietat probatòria forta per inferir que dues seqüències estan relacionades amb una seqüència ancestral comuna amb canvis evolutius. Les alineacions de múltiples seqüències indiquen les regions de cada seqüència amb naturalesa homòloga.
Què és la similitud en bioinformàtica?
En bioinformàtica, la similitud avalua la similitud entre dues proteïnes o seqüències de nucleòtids. Hi ha dos passos principals en aquest procés. El pas inicial és l'alineació per parelles, que ajuda a trobar l'alineació òptima entre dues seqüències (inclosos els buits) mitjançant algorismes com BLAST, FastA i LALIGN. Després de l'alineació per parelles, cal obtenir dos paràmetres quantitatius de cada comparació per parelles. Són identitat i semblança. A BLAST, les similituds de cerca es coneixen com a positius.
Figura 02: alineació per parelles
Una mutació conservadora es produeix quan un aminoàcid muta en un residu similar mentre es conserva les propietats fisicoquímiques. Per exemple, si l'arginina muta a lisina amb +1 càrrega positiva, s'accepta ja que els dos aminoàcids tenen propietats similars i no canvien la proteïna traduïda. Per tant, les mesures de similitud depenen dels criteris de com són dos residus d'aminoàcids entre si.
Quines són les similituds entre l'homologia i la similitud en bioinformàtica?
- Homologia i semblança són dos termes tècnics que trobem en bioinformàtica.
- A més, tots dos termes fan referència a l'anàlisi molecular de seqüències.
Quina és la diferència entre l'homologia i la semblança en bioinformàtica?
L'homologia es refereix a una afirmació sobre l'ascendència evolutiva comuna de dues seqüències, mentre que la similitud fa referència al grau de semblança entre dues seqüències. Per tant, aquesta és la diferència clau entre l'homologia i la similitud en bioinformàtica. A més, l'homologia no es pot calcular ja que pot ser vertadera o falsa i normalment depèn de la hipòtesi, mentre que la similitud es pot calcular fàcilment com a percentatge de residus similars durant una longitud determinada de l'alineació. Per tant, aquesta és una diferència significativa entre l'homologia i la similitud en bioinformàtica.
La infografia següent mostra la diferència entre homologia i semblança en bioinformàtica.
Resum - Homologia vs similitud en bioinformàtica
En resum, la diferència clau entre l'homologia i la similitud en bioinformàtica rau en les seves definicions. L'homologia és una declaració d'ascendència evolutiva comuna de dues seqüències, mentre que la semblança és la semblança entre dues seqüències. L'homologia es produeix a causa dels ortòlegs, paralogs i xenòlegs. Quan es dedueix la similitud, és possible utilitzar algorismes com FastA, BLAST i LALIGN. L'homologia no es pot expressar com un càlcul, però la similitud es podria expressar com un percentatge de residus similars en una longitud determinada de l'alineació. Per tant, aquest és el resum de la diferència entre homologia i semblança en bioinformàtica.
