Diferència clau: sonda vs imprimació
La sonda molecular és un petit fragment d'ADN o ARN que reconeix les seqüències complementàries en ADN o ARN i permet identificar la seqüència diana. El primer és un petit tram d'ADN o ARN que serveix com a punt de partida per a la síntesi d'ADN. Els cebadors i les sondes s'hibriditzen amb els nucleòtids complementaris de l'ADN plantilla o l'ADN diana. Tanmateix, la diferència clau entre la sonda i el cebador és que els cebadors són necessaris per a la replicació de l'ADN, mentre que les sondes són necessàries per a la detecció de seqüències específiques a l'ADN de la mostra.
Què és una sonda?
La sonda és un petit fragment d'ADN o ARN que s'utilitza per detectar l'ADN o l'ARN objectiu a la mostra mitjançant hibridació molecular. També es coneixen com a marcadors moleculars. La longitud de la sonda pot variar (de 100 a 1000 bases), i els nucleòtids de la sonda són complementaris a la part de la seqüència diana. Per facilitar la detecció, les sondes estan marcades amb isòtops radioactius o amb colorants o anticossos fluorescents. Les sondes s'uneixen a les bases complementàries de la seqüència diana i revelen la presència de l'ADN o ARN diana a la mostra. Hi ha dos mètodes principals d'etiquetatge de sondes: etiquetatge final i traducció de nick. Les sondes es classifiquen en diferents tipus, com ara sondes d'ADN, sondes d'ARN, sondes d'ADNc i sondes d'oligonucleòtids sintètics, i es preparen amb diferents tècniques.
Les sondes són eines importants en moltes àrees microbianes i moleculars com ara virologia, patologia forense, proves de paternitat, empremtes digitals d'ADN, detecció de mal alties genètiques, RFLP, citogenètica molecular, hibridació in situ, etc.
Figura 01: sonda marcada amb fluorescència utilitzada a FISH per a la detecció de patògens
Què és un manual?
Primer és un fragment curt d'ADN o ARN que serveix com a iniciador per a la síntesi d'ADN. L'enzim ADN polimerasa afegeix nucleòtids al grup 3' OH de la seqüència d'imprimació i sintetitza la nova cadena complementària a l'ADN plantilla. Els cebadors són fragments molt curts amb una longitud de 18 a 20 nucleòtids. Es sintetitzen químicament al laboratori per a l'amplificació d'ADN in vitro (PCR). Els cebadors poden tenir qualsevol seqüència de nucleòtids ja que estan dissenyats per l'usuari. Es sintetitzen per coincidir amb les bases complementàries de l'ADN plantilla. Per tant, pot tenir qualsevol seqüència de nucleòtids. Els cebadors són de màxima importància per a la replicació de l'ADN, ja que l'ADN polimerasa no pot sintetitzar ADN nou sense un tros d'ADN preexistent. Quan es dissenyen els primers per a la PCR, cal tenir en compte els següents aspectes:
- Els cebadors han de contenir els nucleòtids complementaris a l'extrem flanquejant de l'ADN que es vol amplificar.
- Les imprimacions han de tenir una temperatura de fusió entre 55 i 65 0C
- El contingut de G i C hauria d'estar entre el 50 i el 60%.
En la PCR s'utilitzen dos cebadors com a avançat i invers per replicar les dues cadenes de l'ADN de la mostra. Els cebadors s'utilitzen habitualment per dur a terme la seqüenciació de PCR i ADN.
Figura 02: recuit d'imprimació en PCR
Quina diferència hi ha entre la sonda i la imprimació?
Probe vs Primer |
|
| La sonda és un petit fragment d'ADN/ARN que s'utilitza per detectar la presència de la seqüència diana en una mostra mitjançant hibridació molecular. | El primer és un petit tram d'ADN o ARN que serveix com a punt de partida per a la replicació de l'ADN. |
| Funció | |
| Això detecta la presència d'una seqüència específica a la mostra d'ADN o ARN. | Això actua com a punt de partida per a la síntesi d'ADN. |
| Longitud | |
| La longitud pot estar entre 100 i 1000 bases | La longitud és generalment d'entre 18 i 20 bases |
| Enllaç amb seqüència complementària | |
| La sonda s'hibrida amb les bases complementàries de la seqüència objectiu | Recuits d'imprimació amb les bases complementàries de les cadenes d'ADN. |
| Etiquetatge | |
| Les sondes estan etiquetades per facilitar-ne la detecció | Les imprimacions generalment no s'etiqueten |
| Ús a PCR | |
| Les sondes no s'utilitzen a la PCR | Els imprimadors s'utilitzen a la PCR |
Resum - Sonda vs Primer
La sonda és un petit fragment d'ADN o seqüència d'ARN que es pot hibridar amb nucleòtids complementaris per detectar una seqüència diana a la mostra. Les sondes es marquen radioactivament, immunològicament o fluorescentment per veure la presència de la seqüència diana. El primer és un fragment d'ADN o ARN molt petit que actua com a punt de partida per a l'amplificació d'ADN in vitro. L'ADN polimerasa identifica el cebador del grup 3' OH i inicia la construcció d'una nova cadena complementària a la plantilla. Les sondes i els cebadors funcionen de manera similar hibridant-se amb nucleòtids complementaris. Per tant, la diferència clau entre la sonda i l'encebador és la seva funció principal.
