La diferència clau entre semblança i identitat en l'alineació de seqüències és que la semblança és la semblança (semblança) entre dues seqüències en comparació, mentre que la identitat és el nombre de caràcters que coincideixen exactament entre dues seqüències diferents.
La bioinformàtica és un camp de la ciència interdisciplinari que inclou principalment la biologia molecular i la genètica, la informàtica, les matemàtiques i l'estadística. L'alineació de seqüències és un terme important en bioinformàtica. És el procediment en què les seqüències d'ADN, ARN o proteïnes es disposen per identificar regions de semblança que és conseqüència de la relació funcional, estructural o evolutiva entre les seqüències. Al final de l'alineació, es presentaran com a files dins d'una matriu. Per tal d'alinear els caràcters idèntics en columnes successives, hi ha espais inserits entre els residus.
Què és la semblança?
La similitud en l'alineació de seqüències és la semblança entre dues seqüències quan es comparen. Aquest fet depèn de la identitat de les seqüències. La similitud mostra fins a quin punt els residus estan alineats. Per tant, seqüències similars contenen propietats similars. En bioinformàtica, la similitud és una eina per avaluar la semblança entre dues proteïnes.
Figura 01: semblança en l'alineació de seqüències
Hi ha dos passos principals per al procés d'alineació de seqüències. El pas inicial és l'alineació per parelles, que ajuda a trobar l'alineació òptima entre dues seqüències (inclosos els buits) mitjançant algorismes com BLAST, FastA i LALIGN. L'algoritme de concordança troba el nombre mínim d'operacions d'edició; in-dels i substitucions per tal d'alinear una seqüència amb l' altra seqüència. Després de l'alineació per parelles, cal obtenir dos paràmetres quantitatius de cada comparació per parelles. Són identitat i semblança.
Què és la identitat?
La identitat en l'alineació de seqüències és el nombre de caràcters que coincideixen exactament entre dues seqüències diferents. Per tant, les llacunes no compten a l'hora d'avaluar la identitat. Es considera que la mesura és relacional amb la seqüència més curta entre les dues seqüències. Implica significativament que té l'efecte quan la identitat de la seqüència no és transitiva. Si X=Y i Y=Z, aleshores X no és necessàriament igual a Z. Això es dedueix en termes de la mesura de la distància d'identitat.
Figura 02: identitat a l'alineació de la seqüència
Per exemple, X té una seqüència de AAGGCTT, Y té una seqüència de AAGGC i Z té una seqüència d'AAGGCAT. La identitat entre X i Y és del 100% {5 nucleòtids idèntics/min[longitud(X), longitud(Y)]}. La identitat entre Y i Z també és del 100%. Però la identitat entre X i Z és només del 85% {(6 nucleòtids idèntics / 7)}.
Quines semblances hi ha entre la semblança i la identitat en l'alineació de seqüències?
- Tant semblança com identitat són dos termes que fem servir en l'alineació de seqüències.
- A més, es refereixen a la semblança entre les dues seqüències.
- A més, els expressem com a valor percentual.
Quina diferència hi ha entre semblança i identitat en l'alineació de seqüències?
La similitud en l'alineació indica la semblança entre dues seqüències quan es compara, mentre que la identitat en l'alineació en seqüència indica la quantitat de caràcters que coincideixen exactament entre dues seqüències diferents. Per tant, aquesta és la diferència clau entre semblança i identitat en l'alineació de seqüències.
Resum: semblança vs identitat en l'alineació de seqüències
L'alineació de seqüències ajuda a identificar les regions de semblança en l'ADN, l'ARN o la proteïna resultant a causa de la relació funcional, estructural o evolutiva entre les seqüències. Per tant, semblança i identitat són dos termes clau en el context de l'alineació de seqüències. La diferència clau entre aquests dos termes és que la semblança és la semblança entre dues seqüències en comparació, mentre que la identitat és el nombre de caràcters que coincideixen exactament entre dues seqüències diferents. Per tant, aquest és el resum de la diferència entre semblança i identitat en l'alineació de seqüències.
