La diferència clau entre els cebadors aleatoris i l'oligo dT és que el cebador aleatori és una barreja de totes les seqüències d'oligonucleòtids hexàmers possibles, mentre que el cebador oligo dT consisteix en un tram monocatenari de 12-18 desoxitimidines.
La transcripció inversa és un mecanisme en el qual l'ADNc es pot sintetitzar mitjançant l'ARNm o qualsevol espècie d'ARN. Per produir cDNA, s'ha de proporcionar l'enzim de transcriptasa inversa i altres components necessaris, especialment la plantilla i els primers. Els cebadors són seqüències curtes d'ADN dissenyades específicament per a l'amplificació de les seqüències diana. Els cebadors aleatoris i els cebadors oligo dT són dos tipus comuns de cebadors utilitzats en la transcripció inversa. Per tant, el cebador aleatori o el cebador oligo dT són seqüències curtes d'oligonucleòtids d'ADN necessàries perquè la transcriptasa inversa iniciï la transcripció inversa. Depenent de la plantilla d'ARN, es pot seleccionar el cebador adequat entre aquests dos tipus d'imprimació.
Què són els primers aleatoris?
El cebador aleatori és una barreja d'oligonucleòtids que representen totes les possibles seqüències d'hexàmers. La seqüència de cebadors aleatoris és 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T o C. Per tant, es poden utilitzar cebadors aleatoris per a l'amplificació d'ADN o ARN monocatenari mitjançant ADN polimerasa o transcriptasa inversa, respectivament. A més, la barreja aleatòria d'encebadors és capaç d'amplificar totes les regions de l'ARN per generar ADNc. Per tant, produeix diverses longituds d'ADNc.
Figura 01: inicis aleatoris
El més important és que la barreja d'imprimació aleatòria no mostra especificitat de plantilla. És incapaç de distingir l'ARNm i altres espècies d'ARN. A més, es recua amb qualsevol espècie d'ARN de la mostra. Tanmateix, la barreja d'imprimació aleatòria és adequada per a la transcripció inversa d'ARN sense cues poli(A), com ara ARNr, ARNt, ARN no codificants, ARN petits, ARNm procariota, etc., ARN degradat i ARN amb estructures secundàries conegudes.
Què és Oligo dT?
Oligo dT primer és un tram de 12-18 desoxitimina (dT). La seqüència d'encebador es pot representar com a 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. S'utilitza per a la producció d'ADNc a partir d'ARNm que conté cua poli(A). Bàsicament, actua com a cebador de la reacció catalitzada per la transcriptasa inversa. Durant la transcripció inversa, el cebador oligo dT s'acumula amb la cua poliadenilada que es troba a l'extrem 3' de la majoria dels ARNm eucariotes i inicia el procés.
Figura 02: Transcripció inversa mitjançant Oligo dT Primer
A diferència del cebador aleatori, el cebador oligo dT no és adequat per a l'ARN degradat o l'ARN que no tenen cues poli(A), inclosos l'ARN procariota i el microARN.
Quines són les similituds entre els primers aleatoris i l'Oligo dT?
- El cebador aleatori i el cebador oligo dT són dos tipus de cebadors que s'utilitzen en la transcripció inversa i en la fabricació d'ADNc.
- L'ús del cebador aleatori i el cebador oligo dT junts augmenta la sensibilitat de la síntesi d'ADNc.
- Són seqüències de nucleòtids curtes d'una sola cadena.
Quina diferència hi ha entre els primers aleatoris i Oligo dT?
El cebador aleatori és una seqüència d'oligonucleòtids curta composta per una seqüència aleatòria. Mentrestant, l'imprimació oligo dT és una cadena curta composta de 12 a 18 desoxitimidines. Per tant, aquesta és la diferència clau entre cebadors aleatoris i oligo dT. La seqüència de cebador aleatori és 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T o C. Mentre que, la seqüència de cebador oligo dT és 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Per tant, podem considerar això com una altra diferència entre cebadors aleatoris i oligo dT.
A més, els cebadors aleatoris no mostren especificitat de plantilla, i s'acumulen amb qualsevol espècie d'ARN, mentre que els cebadors oligo dT mostren especificitat per a les cues poli(A) d'ARNm eucariotes.
La infografia següent resumeix la diferència entre cebadors aleatoris i oligo dT.
Resum: primers aleatoris vs Oligo dT
El cebador aleatori i el cebador oligo dT són dos tipus d'imprimadors utilitzats en la síntesi d'ADNc. El cebador aleatori consisteix en una barreja d'oligonucleòtids, que representen totes les seqüències d'hexàmers possibles, mentre que el cebador oligo dT és una seqüència monocatenària de 12 a 18 desoxitimidines. Per tant, aquesta és la diferència clau entre cebadors aleatoris i oligo dT. A més, els cebadors oligo dT són útils per a la transcripció inversa de llarga durada d'ARN amb cua poli(A), mentre que els cebadors aleatoris són útils per a la transcripció inversa de la majoria d'espècies d'ARN, inclòs l'ARN degradat, l'ARN que no té cues poli(A) i l'ARN que conté. estructures secundàries. Per tant, el cebador aleatori no mostra especificitat de plantilla mentre que el cebador oligo dT mostra especificitat cap a l'ARNm eucariota que conté cua poli(A).
