La diferència clau entre contig i bastida és que un contig no té buits mentre que una bastida consta de contigs i buits.
La seqüenciació del genoma d'organismes pluricel·lulars és molt difícil en comparació amb la seqüenciació d'organismes unicel·lulars. La seqüenciació d'escopeta de genoma sencer és una tècnica de seqüenciació del genoma fàcil i ràpida per a genomes pluricel·lulars. És un mètode que seqüencia molts fragments d'ADN superposats en paral·lel. En aquest mètode, els fragments petits s'ajunten en fragments més grans i després en contigs més grans mitjançant un ordinador. A continuació, els contigs s'agrupen en bastides i finalment en un cromosoma. Per tant, contig és un tram continu de seqüències de nucleòtids, mentre que bastida és una part del genoma formada per contigs i buits. Tant contig com scaffold són seqüències genòmiques reconstruïdes.
Què és Contig?
Contig és una seqüència genòmica. És un tram continu de seqüències compost de bases A, C, G i T. Es forma reunint diversos petits trossos d'ADN superposats en una seqüència més llarga. En paraules senzilles, contig és un conjunt d'un conjunt de fragments de seqüència. La creació de contig implica la identificació de fragments de seqüències que se superposen basant-se en mètodes de concordança i alineació de cadenes locals que identifiquen els extrems superposats de les seqüències.
Contigs no tenen buits. És una part d'una bastida. Els contigs s'encadenen quan es creen una bastida. Requereix informació addicional sobre la posició relativa i l'orientació dels contigs al genoma. Els buits separen els contigs en una bastida. Bàsicament, el muntatge contig és un pas important en la seqüenciació de l'escopeta de tot el genoma. Els contigs s'ajunten finalment en una seqüència genòmica completa. El muntatge de Contig sol requerir la comprensió dels algorismes en la concordança de cadenes i l'alineació de seqüències.
Què és una bastida?
Una bastida és una seqüència genòmica reconstruïda a partir de clons d'escopeta de genoma sencer amb seqüenciació final. Estructuralment, una bastida consta de contigs i buits. Per tant, les bastides es creen encadenant contigs i separant-los per buits. La creació de bastides necessita informació sobre la posició relativa i l'orientació dels contigs en el genoma. El muntatge d'escopeta de genoma sencer té com a objectiu representar cada seqüència genòmica en una bastida. Però, no és del tot possible. Per tant, un cromosoma pot estar representat per diverses bastides. De vegades, les bastides es poden solapar. A més, algunes bastides es poden filtrar durant el muntatge.
Figura 02: visió general del conjunt de l'escopeta de tot el genoma
La longitud d'un buit de bastida no mostra la seva longitud real. Generalment, els buits s'estableixen arbitràriament a determinades longituds fixes. Per tant, aquestes llacunes i incerteses en la seva longitud creen problemes per entendre les relacions espacials reals dels elements funcionals dels genomes i l'extensió real de la informació que f alta. De vegades, els buits representen la f alta d'informació genòmica.
Quines similituds hi ha entre Contig i Scaffold?
- Contig i scaffold són seqüències genòmiques formades per seqüències de nucleòtids.
- Les bastides estan compostes per contigs i buits.
Quina diferència hi ha entre Contig i Scaffold?
Un contig és una seqüència contínua assemblada a partir d'un conjunt de fragments de seqüència. En canvi, una bastida és una part de la seqüència genòmica reconstruïda encadenant contigs. Per tant, aquesta és la diferència clau entre contig i bastida. A més, els contigs no tenen buits mentre que els contigs d'una bastida estan separats per buits.
A sota la infografia tabula més diferències entre contig i bastida.
Resum: Contig vs Scaffold
Tant contig com scaffold són seqüències de nucleòtids reconstruïdes en projectes de seqüenciació del genoma sencer. Contig és un tram continu de seqüència genòmica que conté bases A, C, G i T sense buits. La bastida és una seqüència genòmica formada per contigs i buits. Per tant, els components de conjunt més curts són contigs mentre que les bastides són conjunts de contigs. Finalment, les bastides s'assemblen en cromosomes en la seqüenciació del genoma sencer. Així, això resumeix la diferència entre contig i scaffold.
