Diferència clau: caminar amb cromosomes vs s altar
La marxa cromosòmica i el s alt de cromosomes són dues eines tècniques que s'utilitzen en biologia molecular per localitzar gens als cromosomes i cartografiar físics dels genomes. La marxa cromosòmica és una tècnica utilitzada per clonar un gen objectiu en una biblioteca genòmica mitjançant l'aïllament i la clonació repetits de clons adjacents de la biblioteca genòmica. El s alt cromosòmic és una versió especial de la marxa cromosòmica que supera els punts de ruptura de la marxa cromosòmica. La marxa cromosòmica només pot seqüenciar i mapejar petites longituds de cromosomes, mentre que el s alt cromosòmic permet seqüenciar grans parts dels cromosomes. Aquesta és la diferència clau entre la marxa cromosòmica i el s alt cromosòmic.
Què és el caminar cromosomic?
La marxa cromosomica és una eina que explora les regions de seqüències desconegudes dels cromosomes mitjançant fragments de restricció superposats. En la marxa cromosòmica, una part d'un gen conegut s'utilitza com a sonda i es continua caracteritzant la longitud completa del cromosoma que cal cartografiar o seqüenciar. Això va des del marcador fins a la longitud objectiu. En la marxa cromosòmica, els extrems de cada fragment superposat s'utilitzen per a la hibridació per identificar la següent seqüència.
Les sondes es preparen a partir de les peces finals d'ADN clonat i es subclonen. Després s'utilitzen per trobar el següent fragment superposat. Totes aquestes seqüències superposades s'utilitzen per construir el mapa genètic del cromosoma i localitzar els gens diana. És un mètode d'anàlisi de llargs trams d'ADN mitjançant petits fragments superposats de la biblioteca genòmica reconstruïda.
Tècnica de caminada cromosòmica – Passos
-
Aïllament d'un fragment d'ADN que conté el gen conegut o el marcador proper al gen objectiu
- Preparació del mapa de restricció del fragment seleccionat i subclonació de la regió final del fragment per utilitzar-la com a sonda
- Hibridació de la sonda amb el següent fragment superposat
- Preparació del mapa de restricció del fragment 1 i subclonació de la regió final del fragment 1 per utilitzar-lo com a sonda per a la identificació del següent fragment superposat.
- Hibridació de la sonda amb el següent fragment superposat 2
- Preparació del mapa de restricció del fragment 2 i subclonació de la regió final del fragment 2 per servir com a sonda per a la identificació del següent fragment superposat
Els passos anteriors s'han de continuar fins al gen objectiu o fins a 3' de final de la longitud total de la seqüència.
Figura 01: Tècnica de caminada cromosòmica
La caminada dels cromosomes és un aspecte important de la citogenètica per trobar SNP de molts organismes i analitzar les mal alties de transmissió genètica i trobar mutacions dels gens rellevants.
Què és el s alt de cromosomes?
El s alt cromosòmic és una tècnica utilitzada en biologia molecular per al mapeig físic dels genomes dels organismes. Aquesta tècnica es va introduir per superar una barrera de la marxa cromosòmica que va sorgir en trobar les regions repetitives d'ADN durant el procés de clonació. Per tant, la tècnica de s alt de cromosomes es pot considerar com una versió especial de la marxa cromosòmica. És un mètode ràpid en comparació amb la marxa cromosòmica i permet eludir les seqüències repetitives d'ADN que no són propenses a ser clonades durant la marxa cromosòmica. El s alt cromosòmic redueix la bretxa entre el gen objectiu i els marcadors coneguts disponibles per al mapeig del genoma.
L'eina de s alt de cromosomes comença amb el tall d'un ADN específic amb endonucleases de restricció especials i la lligadura dels fragments en bucles circularitzats. A continuació, s'utilitza un cebador dissenyat a partir d'una seqüència coneguda per seqüenciar els bucles circularitzats. Aquesta imprimació permet s altar i seqüenciar d'una manera alternativa. Per tant, pot evitar les seqüències repetitives d'ADN i caminar ràpidament pel cromosoma per buscar el gen objectiu.
El descobriment del gen que codifica per a la mal altia de la fibrosi quística es va fer mitjançant l'eina de s alt cromosòmic. Combinats, el s alt cromosòmic i el caminar poden millorar el procés de mapeig del genoma.
Figura 02: S alt de cromosomes
Quina diferència hi ha entre la marxa cromosòmica i el s alt?
Caminar amb cromosoma vs s altar |
|
| El cromosoma és una eina que s'utilitza en biologia molecular per mapejar el genoma i localitzar gens específics. | El s alt de cromosomes és una eina que s'utilitza per a la cartografia física dels genomes i la recerca ràpida de gens objectiu als cromosomes. |
| Durades comparatives de la seqüenciació | |
| Només es poden clonar fragments petits mitjançant la marxa cromosòmica. | Les longituds més grans dels cromosomes es poden cartografiar mitjançant el s alt cromosòmic. |
| Clonació d'ADN repetitiu en cromosomes | |
| La tècnica de caminada cromosomica té dificultats per caminar per les seqüències d'ADN repetides que es troben als cromosomes. | Permet evitar les seqüències repetitives d'ADN. Per tant, no hi ha cap dificultat per trobar-los durant la seqüenciació. |
| Factors que afecten els processos | |
| L'èxit del procés depèn de la mida del genoma i de la distància que s'ha de "recórrer" des d'una posició genòmica coneguda fins al gen desitjat. | L'èxit no depèn de la mida del genoma de la distància entre el marcador i l'objectiu. |
| Efectes de l'ADN no clonat | |
| La marxa cromosòmica es pot aturar amb fragments d'ADN no clonats. | La nota més baixa que poden tocar els piccolos és D4. |
| Necessitat d'una seqüència coneguda | |
| El procés comença amb un gen conegut a prop de l'objectiu. | El procés requereix un fragment conegut per al disseny d'imprimació. |
Resum: caminar amb cromosomes vs s altar
La marxa cromosòmica s'aplica amb freqüència quan se sap que un gen particular es troba a prop d'un gen clonat prèviament en un cromosoma i és possible identificar-lo amb l'aïllament repetit de clons genòmics adjacents de la biblioteca genòmica. Tanmateix, quan es troben regions d'ADN repetitives durant la tècnica de caminada cromosòmica, el procés no es pot continuar. Per tant, la tècnica trenca amb aquest punt. El s alt cromosòmic és una eina biològica molecular que supera aquesta limitació per mapejar genomes. Evita aquestes regions d'ADN repetitives que són difícils de clonar i ajuda en el mapeig físic dels genomes. Aquesta és la diferència principal entre caminar i s altar per un cromosoma.
