La diferència clau entre CDS i ORF és que CDS és la seqüència de nucleòtids real d'un gen que es tradueix en una proteïna, mentre que ORF és un tram de seqüència d'ADN que comença amb el lloc d'inici de la traducció (codó d'inici) i acaba amb un lloc de terminació de la traducció (codó de parada).
Un gen té una seqüència codificant (CDS). Consta d'exons totals del gen i un codó d'inici i un codó de parada. És la part real del gen que tradueix i produeix la proteïna. El marc de lectura obert o ORF és una seqüència de nucleòtids situada entre un codó d'inici i un codó de parada. No hi ha cap codó de parada dins d'un ORF que interrompi el codi genètic que es tradueix en una proteïna. En els procariotes, CDS i ORF d'un gen són iguals.
Què és el CDS?
CDS o seqüència codificant és la part del gen que realment es tradueix en una proteïna. Està format per exons i dos codons coneguts com a codó AUG i codó de parada. El CDS no conté dues regions no traduïdes: 5' UTR i 3 UTR. A més, els introns no estan inclosos als CDS.
Figura 01: seqüència de codificació
Si es comparen amb tot el genoma d'un individu, les seqüències de codificació són una petita fracció. La seqüència codificant consisteix en la seqüència de nucleòtids necessària per fer la seqüència d'aminoàcids de la proteïna. Per tant, els CDS són exons concentrats que es poden dividir en triplets de nucleòtids o codons. Els codons donen lloc als aminoàcids.
Què és un ORF?
Marc de lectura obert o ORF és el tram continu d'una seqüència de nucleòtids que comença amb un codó d'inici i acaba amb un codó de parada. En paraules senzilles, ORF es refereix a la regió de la seqüència de nucleòtids situada entre els codons d'inici i de parada. Entremig, no hi ha cap codó d'aturada que interrompi l'ORF. La seqüència de nucleòtids entre el codó d'inici i de parada codifica per als aminoàcids. En general, el codó d'inici és ATG mentre que els codons de parada són TAG, TAA i TGA. ORF dóna una proteïna funcional quan es transcriu i es tradueix. Per tant, ORF inclou un codó d'inici, diversos codons a la regió mitjana i un codó de parada. Curiosament, ORF té una longitud que es pot dividir per tres.
Figura 02: marc de lectura obert
En els procariotes, com que no hi ha introns, l'ORF és la seqüència codificant d'un gen que es transcriu directament a l'ARNm. Per tant, CDS i PRF són els mateixos en procariotes. Quan es busquen gens en procariotes, és fàcil detectar un ORF i trobar un gen en procariotes. En eucariotes, com que hi ha introns, l'ORF és la seqüència de codons que es forma després del processament o l'empalmament de l'ARN. L'ORF és una evidència que ajuda a la predicció del gen sempre que és probable que l'ORF formi part d'un gen.
Quines similituds hi ha entre CDS i ORF?
- En els procariotes, CDS i ORF són iguals.
- Tots dos tenen un codó d'inici i un codó d'aturada.
- Tenen un nombre de nucleòtids que es poden dividir per tres.
- Un cop traduïts, produeixen seqüències d'aminoàcids.
Quina diferència hi ha entre CDS i ORF?
CDS és la part real del gen que es tradueix en una proteïna, mentre que ORF és el tram d'ADN entre un codó d'inici i un codó de parada. Per tant, aquesta és la diferència clau entre CDS i ORF. A més, CDS no conté introns, però ORF pot contenir introns. El CDS es transcriu completament en una seqüència completa d'ARNm mentre que l'ORF pot formar part de la seqüència d'ARNm. Per tant, aquesta és una altra diferència entre CDS i ORF.
A sota de la infografia es tabula una al costat de l' altra les diferències entre CDS i ORF.
Resum: CDS vs ORF
CDS i ORF són dues parts importants d'un gen. CDS es refereix a la regió real de l'ADN que es tradueix en una proteïna. ORF és una seqüència d'ADN que comença amb el codó d'inici "ATG" i acaba amb qualsevol dels tres codons de terminació (TAA, TAG o TGA). ORF pot ser una part de l'ARNm complet d'un gen. Tanmateix, la seqüència codificant d'un gen es transcriu a la seqüència completa d'ARNm. Tots els CDS són ORF. Però no tots els ORF són CDS. Així, això resumeix la diferència entre CDS i ORF.
