Diferència clau: proteòmica vs transcriptòmica
La tecnologia òmica és una tendència actual, on les diferents biomolècules d'un organisme es veuen com una col·lecció sencera pel que fa a les seves propietats i funcions. La tecnologia òmica té una àmplia gamma d'aplicacions. Les diferents òmiques d'una mostra biològica inclouen la genòmica, la proteòmica, la transcriptòmica i la metabolòmica. La proteòmica implica l'estudi complet de totes les proteïnes d'un organisme viu. Es defineix com el conjunt de totes les proteïnes expressades en un organisme, les seves propietats estructurals i funcionals. El conjunt complet de proteïnes, per tant, formen el proteoma. La transcriptòmica és l'estudi complet de totes les molècules d'ARN missatger (ARNm) presents en un organisme viu. Així, la transcriptòmica tracta els gens que s'expressen activament en un organisme viu. El conjunt total d'ARNm d'un organisme viu es coneix com a transcriptoma. La diferència clau entre la proteòmica i la transcriptòmica es basa en el tipus de biomolècula. En proteòmica, s'estudia el conjunt total de proteïnes expressades en un organisme viu mentre que, en transcriptòmica, s'estudia l'ARNm total d'un organisme viu.
Què és la proteòmica?
El terme proteòmica es va encunyar l'any 1995 i es va definir inicialment com el complement proteic total d'una cèl·lula, un teixit o un organisme. Amb l'avenç dels estudis proteòmics, es va modificar per ser considerat com un terme paraigua en el qual s'incloïen molts camps d'estudi. Actualment, sota el tema proteòmica, s'estudia l'estructura, l'orientació, les funcions, les seves interaccions, les seves modificacions, les seves aplicacions i la importància de les proteïnes. Per tant, actualment es duen a terme moltes investigacions en el camp de la proteòmica.
Es van fer els primers estudis proteòmics per identificar el contingut de proteïnes a Escherichia coli. El mapeig del contingut total de proteïnes es va fer mitjançant gels bidimensionals (2D). Després de l'èxit d'això, els científics van passar a caracteritzar el contingut total de proteïnes en animals com els conillets d'índies i els ratolins. Actualment, el mapatge de proteïnes humanes es fa mitjançant electroforesi en gel 2D.
Aplicacions de la proteòmica
Hi ha molts avantatges d'estudiar la proteòmica, ja que les proteïnes són les molècules que governen la major part de l'activitat a causa de la propietat catalitzadora de les proteïnes. Així, l'estudi de proteïnes senceres pot proporcionar informació sobre l'estat de salut d'un organisme. Algunes aplicacions són;
- Anotació del genoma: mitjançant l'estudi del contingut de proteïnes d'un organisme, es poden determinar els genomes exactes responsables del compost proteic actiu. En aquest escenari, els resultats de tota la genòmica, la transcriptòmica i la proteòmica són importants.
- Identificació de mal alties/Diagnòstic: la proteòmica s'utilitza en la identificació de l'estat de la mal altia, comparant els sans i els mal alts
- Per dur a terme l'expressió de proteïnes estudiada durant l'experimentació.
- Modificacions de proteïnes i estudis d'interacció: per tal d'utilitzar proteïnes en condicions in vitro o in vivo, decidir les condicions d'emmagatzematge d'aquestes proteïnes extretes i estudiar el comportament de la proteïna in vitro, in vivo i in vivo. – mètodes silico.
Figura 01: Proteòmica
Hi ha diferents tècniques implicades en proteòmica
- Extracció de la proteïna total i separació de les proteïnes mitjançant electroforesi en gel 2D. Les proteïnes també es poden separar mitjançant la cromatografia líquida d' alt rendiment (HPLC).
- Seqüenciació de les proteïnes extretes mitjançant mètodes com el mètode de seqüenciació d'Edmund o l'espectrometria de masses.
- Un cop identificades les seqüències, s'analitzen les propietats estructurals i funcionals del contingut de proteïnes mitjançant programari informàtic i eines bioinformàtiques.
Què és la transcriptòmica?
El terme transcriptoma s'ha encunyat recentment. La transcriptòmica és l'estudi del contingut total d'ARNm d'un organisme. L'ARNm total és l'ADN expressat en un organisme viu o una cèl·lula. La col·lecció completa d'ARNm es coneix com a transcriptoma.
Els passos per analitzar el transcriptoma inclouen,
- Extracció d'ARN, separació d'ARNm mitjançant cromatografia en gel de columna amb perles de poli DT.
- La seqüenciació de l'ARNm està feta.
La tecnologia de microarrays és una manera habitual d'identificar el transcriptoma d'un organisme. La tècnica de microarrays implica una placa sonda amb les cadenes complementàries del transcriptoma. Després de la hibridació, es pot caracteritzar l'ARNm present a l'organisme o les cèl·lules.
Figura 02: Tècniques transcriptòmiques
La transcriptòmica ara s'utilitza àmpliament en l'àmbit mèdic. El diagnòstic de mal alties i el perfil de mal alties són els principals camps en què s'utilitza la transcriptòmica. Mitjançant l'anàlisi d'un transcriptoma d'un organisme, es pot identificar l'ARNm estrany i, si hi ha alguna infecció, es pot identificar. L'ARN no codificant es pot separar mitjançant tecnologies transcriptòmiques. I també es pot controlar l'expressió de gens sota diferents tensions ambientals.
Quines similituds hi ha entre la proteòmica i la transcriptòmica?
- Tots dos formen part del concepte de tecnologia òmica.
- Tots dos s'utilitzen en el diagnòstic de mal alties i la caracterització de mal alties d'un organisme.
- Les dues àrees d'estudi van implicar l'extracció de la biomolècula, la separació de la biomolècula i els passos de seqüenciació.
Quina diferència hi ha entre la proteòmica i la transcriptòmica?
Protemics vs Transcriptomics |
|
| La proteòmica implica l'estudi complet de totes les proteïnes d'un organisme viu. | La transcriptòmica és l'estudi complet de totes les molècules d'ARN missatger (ARNm) presents en un organisme viu. |
| Tipus de biomolècula estudiada | |
| Les proteïnes s'estudien en proteòmica. | Els ARNm s'estudien en transcriptòmica. |
| Factors estudiats | |
| S'estudien en proteòmica l'estructura, la funció, les interaccions, les modificacions i les aplicacions de les proteïnes. | L'estructura de la seqüència, les interaccions amb l'entorn i les aplicacions de l'ARNm s'estudien en transcriptòmica. |
Resum: proteòmica vs transcriptòmica
Els òmics tenen un paper important en el camp de les ciències de la vida. La proteòmica fa referència a l'estudi del proteoma que forma les col·leccions completes de proteïnes en una cèl·lula o un organisme. La transcriptòmica fa referència a l'estudi del transcriptoma que és el conjunt complet d'ADN expressat que es troba en forma d'ARNm. Les dues àrees d'estudi, la proteòmica i la transcriptòmica, es van derivar després de la introducció de la genòmica i actualment s'utilitzen àmpliament en el diagnòstic mèdic i en la caracterització i cribratge d'organismes. Aquesta és la diferència entre la proteòmica i la transcriptòmica.
Descarregueu el PDF de Proteomics vs Transcriptomics
Podeu descarregar la versió PDF d'aquest article i utilitzar-la per a finalitats fora de línia segons la nota de citació. Baixeu la versió PDF aquí: Diferència entre proteòmica i transcriptòmica
