Diferència clau: AFLP vs RFLP
Els estudis d'ADN tenen una immensa importància per entendre i determinar relacions filogenètiques, diagnosticar mal alties genètiques i cartografiar els genomes dels organismes. També s'utilitzen diverses tècniques associades a l'anàlisi d'ADN per a la identificació d'un gen particular o d'una seqüència d'ADN en un conjunt d'ADN desconegut. Es coneixen com a marcadors moleculars. El polimorfisme de longitud de fragment amplificat (AFLP) i el polimorfisme de longitud de fragment de restricció (RFLP) són dos d'aquests marcadors moleculars (mètodes) desenvolupats en biologia molecular per detectar la variació genètica entre organismes. Tots dos mètodes són igualment importants i tenen avantatges i desavantatges. La diferència clau entre AFLP i RFLP és que AFLP implica l'amplificació selectiva per PCR de l'ADN digerit mentre que RFLP no implica l'amplificació selectiva per PCR dels fragments d'ADN.
Què és l'AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) és una eina important en biologia molecular i s'utilitza àmpliament en l'anàlisi de variacions genètiques. L'AFLP es basa en l'amplificació específica per PCR de l'ADN genòmic fragmentat i la detecció del polimorfisme mitjançant autorradiografies mitjançant electroforesi en gel. L'AFLP contribueix àmpliament a identificar diferències genètiques en soques o espècies estretament relacionades de diversos regnes, com ara plantes, animals, bacteris i fongs. L'AFLP es pot dur a terme amb petites quantitats de mostres d'ADN desconegudes. No requereix coneixements previs de seqüències i disseny de sondes.
Pasos d'AFLP
- Aïllament de l'ADN
- Digestió de l'ADN amb endonucleases de restricció
- Lligació dels fragments d'ADN restringits amb adaptadors
- Amplificació selectiva dels fragments amb llocs de restricció específics
- Separació dels productes de PCR mitjançant electroforesi en gel
- Visualització de la matriu de gel per autorradiografia
AFLP és un mètode més sensible i reproduïble que es pot utilitzar en l'elaboració de perfils d'ADN de diversos tàxons, inclosos fongs, bacteris, plantes i animals sense coneixement previ de les seqüències d'ADN. Ajuda a identificar lleugeres diferències entre els individus de les poblacions a causa de la seva naturalesa altament sensible. L'AFLP també és important en cartografia del genoma, estudis forenses, proves parentals, genotipat, etc.
Figura 01: AFLP
Què és RFLP?
Els polimorfismes de longitud de fragments de restricció (RFLP) són una tècnica que s'utilitza per detectar les variacions genètiques en seqüències d'ADN homòlogues. És el primer mètode desenvolupat per al perfil d'ADN. Els organismes tenen empremtes digitals d'ADN o perfils d'ADN únics. RFLP serveix com una eina important per analitzar la variació entre els perfils d'ADN d'organismes intraespecífics o estretament relacionats, ja que les seqüències homòlogues tenen diferents llocs de restricció (ubicacions) que són únics per a un organisme en particular. Quan l'ADN homòleg es digereix amb endonucleases de restricció específiques, donarà lloc a diferents perfils d'ADN que són únics per a cada individu. Per tant, el principal d'aquest mètode és la detecció de la variació genètica entre organismes restringint l'ADN homòleg amb enzims de restricció específics i l'anàlisi del polimorfisme de la longitud del fragment mitjançant electroforesi en gel i blotting. Els patrons d'absorció són únics per a cada organisme i caracteritzen els genotips específics.
Pasos de RFLP
- Aïllament d'una quantitat suficient d'ADN de les mostres
- Fragmentació de les mostres d'ADN amb endonucleases de restricció específiques en seqüència curta
- Separació dels fragments obtinguts amb diferents longituds mitjançant electroforesi en gel d'agarosa.
- Transferència del perfil de gel a una membrana mitjançant Southern blotting
- Hibridació de la membrana amb sondes marcades i anàlisi del polimorfisme de la longitud del fragment a cada perfil
RFLP és una tècnica molt important per detectar l'herència de la mal altia i trobar el risc d'aparició de la mal altia entre els membres de la família. L'RFLP també s'utilitza amb freqüència en el mapeig del genoma, la identificació de criminals en la investigació forense, les proves de paternitat, etc. RFLP també té diverses limitacions. RFLP requereix el coneixement previ de les dades de la seqüència per dissenyar sondes per a la hibridació. També requereix aïllar una quantitat suficient d'ADN de la mostra per analitzar-la, cosa que és difícil en estudis forenses.
Figura 01: mapatge RRFLP
Quina diferència hi ha entre AFLP i RFLP?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP implica l'amplificació selectiva per PCR de l'ADN digerit. | RFLP no implica PCR tret que sigui PCR-RFLP. |
| Coneixement de la seqüència | |
| No es requereix coneixements previs de la seqüència. | Es requereix coneixements previs de seqüències per dissenyar sondes RFLP. |
| Fiabilitat | |
| Això és més fiable. | Això és menys fiable en comparació amb l'AFLP. |
| Eficiència en la detecció de polimorfisme | |
| Això té una eficiència més alta per detectar polimorfisme que RFLP. | Això és menys eficient en comparació amb AFLP. |
| Cost | |
| Això és una mica car en comparació amb RFLP. | Això és menys car en comparació amb AFLP. |
| Aplicacions | |
| Els AFLP s'han aplicat a la cartografia del genoma, la presa d'empremtes dactilars d'ADN, els estudis de diversitat genètica, les proves de paternitat i la investigació forense | L'anàlisi RFLP és una eina important en el mapeig del genoma, la localització de gens per a trastorns genètics, la determinació del risc de mal altia i les proves de paternitat. |
Resum: AFLP vs RFLP
AFLP i RFLP són dues tècniques utilitzades com a marcadors genètics per a l'avaluació de la diversitat i l'avaluació de les relacions genètiques en biologia molecular. L'AFLP serveix com un mètode eficient i sensible per a la detecció del polimorfisme genètic entre organismes que l'RFLP. Tanmateix, tot i que aquests dos mètodes tenen diferents eficàcies a l'hora de detectar variacions genètiques, encara s'utilitzen per a la presa d'empremtes dactilars d'ADN i el diagnòstic de mal alties.
