Diferència clau: lligadura final contundent i enganxosa
Les endonucleases de restricció són enzims específics que tallen l'ADN de doble cadena (dsDNA). També es coneixen com a tisores moleculars en biologia molecular. Els enzims de restricció són capaços de reconèixer seqüències curtes específiques del dsDNA conegudes com a llocs de reconeixement i escindir enllaços fosfodièster i hidrogen per obrir cadenes dobles. Com a resultat de la divisió per part d'aquests enzims, es produeixen fragments d'ADN amb diferents tipus d'extrems com els extrems enganxosos i els extrems roms. L'ADN lligasa és un enzim utilitzat en biologia molecular per unir dues cadenes d'ADN adjacents formant nous enllaços. El pas es coneix com a lligadura i, segons el tipus d'extrem lligat de l'ADN, es pot denominar lligadura de l'extrem rom i lligadura de l'extrem enganxós. La diferència clau entre la lligadura d'extrems roms i enganxosos és que la lligadura de l'extrem rom es produeix entre fragments d'ADN que contenen dos extrems roms, mentre que la lligadura de l'extrem enganxós es produeix entre els voladissos de 5' i 3'. En comparació amb la lligadura de l'extrem rom, la lligadura de l'extrem enganxós és més eficient i estable.
Què és una lligadura d'extrem rom?
Algunes endonucleases de restricció poden tallar l'ADN a les bases oposades i produir fragments d'ADN d'extrem rom. Aquests enzims es coneixen com a talladors d'extrem rom; s'enganxen directament al centre del lloc de restricció sense deixar bases voladisses simples. Els extrems roms també es coneixen com a extrems no voladissos, ja que no tenen bases voladisses de 3' i 5' als extrems. Tots dos fils acaben a partir de parells de bases en extrems roms. Els enzims de tall roms comuns són EcoRV HaeIII, AluI i SmaI.
La lligadura d'extrems roms està implicada entre dos extrems roms. No és una lligadura de bases que sobresurten. Aquesta lligadura és menys eficient que la lligadura de l'extrem enganxós. Tanmateix, en algunes ocasions, la lligadura de l'extrem rom esdevé més avantatjosa que la lligadura de l'extrem enganxós, especialment quan es lliguen productes de PCR. Els productes de PCR es produeixen sempre amb extrems roms. La lligadura d'extrems roms no requereix extrems complementaris a l'ADN per a la lligadura.
Figura 01: producció final contundent per l'enzim Eco RV
Què és una lligadura final enganxosa?
Algunes endonucleases de restricció són capaces de tallar dsDNA, deixant un tros d'ADN monocatenari que sobresurt al final. Aquests extrems es coneixen com a extrems enganxosos o sobresortints. La lligadura d'extrems enganxosos es produeix entre dos fragments d'ADN que contenen voladissos coincidents perquè els extrems enganxosos tenen bases no aparellades i requereixen bases complementàries per formar enllaços. Per tant, és necessari utilitzar el mateix enzim de restricció per a ambdues fonts d'ADN per produir els fragments de lligament coincidents.
La lligadura de l'extrem enganxós és més eficient i sovint és molt desitjable en els processos de clonació. Hi ha diversos enzims de restricció que produeixen extrems enganxosos. Són EcoRI, BamHI, HindIII, etc.
Figura 02: producció final enganxosa per l'enzim Eco RI
Quina diferència hi ha entre la lligadura final roma i la lligadura final enganxosa?
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| La lligadura de l'extrem rom es produeix entre dos fragments d'ADN d'extrem rom. | La lligadura d'extrems enganxosos es produeix entre dos fragments d'ADN coincidents amb extrems enganxosos. |
| enzims | |
| Els talladors d'extrems roms produeixen extrems roms. | Els talladors d'extrems enganxosos produeixen extrems enganxosos o cohesionats. |
| Requisit de finals coincidents | |
| No requereix fragments coincidents ni bases complementàries. | Requereix bases complementàries als extrems per formar parells de bases. |
| Eficiència | |
| És menys eficient que la lligadura final enganxosa | És més eficient que la lligadura d'extrems roms. |
Resum – Lligadura final contundent vs enganxosa
Les endonucleases de restricció són capaces de tallar l'ADNc i produir fragments d'ADN amb diferents extrems. Reconeixen seqüències específiques i restringeixen l'ADN creant extrems enganxosos i roms. Els extrems enganxosos tenen bases no aparellades al final dels fragments. Els extrems roms es creen a causa d'un escot recte i tenen parells de bases als extrems. La lligadura de l'extrem enganxós requereix dues peces d'ADN monocatenari complementàries. La lligadura d'extrem rom es produeix entre dos fragments d'extrem rom qualsevol. Aquesta és la diferència entre la lligadura contundent i la lligadura enganxosa.
