La diferència clau entre la traducció de nick i l'ompliment final és que la traducció de nick és un procés que crea sondes d'ADN etiquetades per a diverses reaccions d'hibridació, mentre que l'ompliment final és una tècnica que crea fragments despuntats afegint nucleòtids en voladissos monocatenaris.
La traducció de nick i l'emplenament final són dues tècniques utilitzades en biologia molecular. La traducció de Nick s'utilitza per marcar sondes per a la hibridació per tal de detectar seqüències de nucleòtids específiques. El farciment final s'utilitza per fer fragments roms que tenien extrems enganxosos amb voladissos d'una sola cadena. Ambdues tècniques tenen una gran importància i es realitzen habitualment en laboratoris d'investigació molecular.
Què és la traducció de Nick?
La traducció de Nick és una tècnica important que s'utilitza per preparar sondes marcades per a diverses tècniques de biologia molecular com ara blotting, hibridació in situ, hibridació fluorescent in situ, etc. És un mètode in vitro d'etiquetatge d'ADN. Les sondes d'ADN s'utilitzen per identificar seqüències específiques d'ADN o ARN. Amb l'ajuda d'una sonda marcada, es poden marcar o visualitzar fragments específics a partir d'una barreja complexa d'àcid nucleic. Per tant, les sondes marcades es preparen mitjançant diverses tècniques. La traducció de nick és un d'aquests mètodes que produeix sondes marcades amb l'ajuda dels enzims DNasa 1 i DNA polimerasa 1.
Figura 01: Traducció de Nick
El procés de traducció de Nick comença amb l'activitat de l'enzim DNasa 1. La DNasa 1 introdueix entalls a la columna vertebral de fosfat de l'ADN de doble cadena mitjançant l'escissió dels enllaços fosfodièster entre nucleòtids. Un cop creat el nick, es produirà un grup 3′ OH lliure del nucleòtid i hi actuarà l'enzim ADN polimerasa 1. L'activitat exonucleasa de 5′ a 3′ de l'ADN polimerasa 1 elimina els nucleòtids de l'encletxa cap a la direcció 3′ de la cadena d'ADN.
Simultàniament, l'activitat polimerasa de l'enzim ADN polimerasa 1 funciona i afegeix nucleòtids per substituir els nucleòtids eliminats. Si els nucleòtids estan marcats, la substitució es produirà pels nucleòtids marcats i marcarà l'ADN per a la seva identificació. Finalment, aquest DNA marcat recentment sintetitzat es pot utilitzar com a sondes en diverses reaccions d'hibridació.
Què és l'ompliment final?
El farciment final és una tècnica utilitzada en biologia molecular per fer fragments despuntats. La digestió de restricció produeix fragments amb voladissos. Aquests fragments poden no ser compatibles per lligar-se a vectors plasmidis. Sovint, els vectors es despunten per permetre unir extrems no compatibles. Per tant, els fragments amb voladissos es poden eliminar afegint els nucleòtids a la cadena complementària utilitzant el voladís com a plantilla per a la polimerització. Aquest procés es coneix com a ompliment final.
ADN polimerases com el fragment de Klenow de l'ADN polimerasa I i l'ADN polimerasa T4 catalitzen el farcit final. Afegeixen nucleòtids per omplir (5′ → 3′) i tornar a mastegar (3′ → 5′). Quan s'omplen els extrems enganxosos, es tornen contundents i estan a punt per lligar-se en un vector.
A més, el farciment final es pot utilitzar per etiquetar molècules d'ADN. Tanmateix, només es pot utilitzar per etiquetar molècules d'ADN amb extrems enganxosos. En comparació amb la traducció de nick, l'ompliment final és un mètode més suau que rarament provoca trencaments d'ADN.
Quines similituds hi ha entre la traducció de Nick i l'emplenament final?
- Tant la traducció del sobrenom com l'emplenament final són tècniques de biologia molecular.
- Es poden utilitzar per etiquetar sondes.
- Tots dos són in vitro
Quina diferència hi ha entre la traducció de Nick i l'emplenament final?
La traducció de Nick és una tècnica que crea sondes etiquetades per a la hibridació. En canvi, l'ompliment final és una tècnica que crea fragments roms per a la lligadura en vectors. Per tant, aquesta és la diferència clau entre la traducció del nick i l'emplenament final. A més, la traducció de Nick requereix l'ús d'activitat exonucleasa de 5' a 3' mentre que l'ompliment final no requereix activitat exonucleasa de 5' a 3'.
La infografia següent mostra les diferències entre la traducció de sobres i l'emplenament final amb més detall.
Resum – Traducció de Nick vs Ompliment final
La traducció de Nick és un mètode que incorpora nucleòtids radiomarcats a l'ADN. Sintetitza sondes marcades a partir de les activitats dels enzims DNasa 1 i ADN polimerasa 1 d'E. coli. El farcit final, en canvi, és una tècnica que produeix fragments roms. Quan els fragments tenen extrems enganxosos (voladissos monocatenaris), cal fer-los extrems roms per tal de lligar-se en vectors. El farciment final afegeix nucleòtids compatibles i crea fragments d'extrem rom per fer-los compatibles per a la lligadura. Per tant, això resumeix la diferència entre la traducció de sobrenoms i l'emplenament final.
