Diferència clau: pàgina SDS vs pàgina nativa
SDS i la pàgina nativa són dos tipus de tècniques d'electroforesi en gel de poliacrilamida que s'utilitzen a la biologia molecular. La diferència clau entre la pàgina SDS i la pàgina nativa és el tipus de gel de poliacrilamida utilitzat. A la pàgina SDS s'utilitza un gel desnaturalitzant, per tant, les molècules es separen en funció del seu pes molecular. En canvi, a Native Page s'utilitzen gels no desnaturalitzants. Per tant, les molècules es separen en funció de la seva mida, càrrega i forma.
L'electroforesi en gel de poliacrilamida (Pàgina) utilitza un gel fet polimeritzant monòmers d'acrilamida amb metilè bisacrilamida. La poliacrilamida és més dura i més estable a la calor que l'agarosa. Els gels de poliacrilamida tenen una mida de porus més petita que permet la separació eficient de proteïnes. Hi ha dos tipus principals de configuracions de pàgina, la pàgina SDS i la pàgina nativa. La pàgina SDS o l'electroforesi en gel de poliacrilamida amb sulfat de sodi i dodecil separa les proteïnes en funció dels seus pesos moleculars. Els gels desnaturalitzadors s'utilitzen a la pàgina SDS. Native Page utilitza gels no desnaturalitzants i separa les proteïnes en funció de la seva mida, càrrega i forma (conformació 3D).
Què és la pàgina SDS?
La pàgina SDS és la tècnica electroforètica més comuna que s'utilitza per separar proteïnes en funció del seu pes molecular. El gel es fa afegint SDS (dodecil sulfat de sodi), que és un detergent. SDS denta les proteïnes en monòmers. SDS és un detergent aniònic. Per tant, afegeix una càrrega negativa neta a les proteïnes dins d'un ampli rang de pH. Quan la càrrega negativa neta s'imparteix a les molècules de proteïnes, a causa de la variació de càrrega, les estructures complexes es descomponen. A causa de la càrrega negativa, les proteïnes s'atrauen cap a l'extrem positiu. Així, les molècules amb pes molecular més baix viatgen més ràpidament a la matriu del gel i es poden observar a prop de l'ànode, mentre que les proteïnes de pes molecular més alt s'observen més a prop dels pous.
Figura 01: Pàgina SDS
La unió de l'SDS a la cadena polipeptídica és proporcional a la seva massa molecular relativa. Per tant, la massa molecular també es pot determinar mitjançant la pàgina SDS. La tinció dels gels SDS Page es realitza mitjançant una tinció de blau de bromofenol. Les aplicacions de la pàgina SDS varien en major mesura on es pot utilitzar per estimar la massa molecular relativa i per determinar l'abundància relativa de proteïnes en una barreja de proteïnes. La pàgina SDS també es pot utilitzar per determinar la distribució de proteïnes en una barreja de proteïnes. SDS Page també s'aplica per purificar i avaluar proteïnes. S'utilitza com a procediment preliminar per al western blotting i la hibridació, que al seu torn s'utilitza per al mapeig i la identificació de proteïnes.
Què és la pàgina nativa?
L'electroforesi en gel de poliacrilamida nativa (Pàgina nativa) utilitza un gel no desnaturalitzant. Per tant, SDS o qualsevol altre agent desnaturalitzant no s'afegeix a la matriu de gel. A Native Page, la separació de proteïnes es basa en la càrrega i la mida de la proteïna. Per tant, la mobilitat de la proteïna depèn de la càrrega i de la mida de la proteïna.
La càrrega de la proteïna depèn de les cadenes laterals dels aminoàcids. Si les cadenes laterals estan carregades negativament, la proteïna rebrà una càrrega negativa global i viceversa. Les proteïnes conserven una conformació 3D a causa del plegament que té lloc. El plegament és el resultat dels diversos tipus d'enllaços de proteïnes com els enllaços disulfur, les interaccions hidrofòbiques i els enllaços d'hidrogen. Per tant, si la pàgina nativa es porta a un pH neutre, les proteïnes es separaran segons la forma molecular de la proteïna. Per tant, Native Page es pot utilitzar com a tècnica sensible per detectar el canvi de càrrega o conformació de la proteïna.
El principal avantatge de la pàgina nativa és que la proteïna utilitzada per a l'anàlisi de la pàgina es pot recuperar en el seu estat original després de l'anàlisi de la pàgina, ja que la proteïna no es veu alterada durant el procés. La pàgina nativa és una tècnica de rendiment relativament alt i l'estabilitat de la proteïna augmenta.
Figura 02: Pàgina nativa
Un cop finalitzada la prova de gel, el gel Native Page es pot veure tenint-lo amb blau de bromofenol o qualsevol altre reactiu de tinció adequat. Les aplicacions de Native Page inclouen la separació de proteïnes àcides incloent glicoproteïnes com l'eritropoietina recombinant humana o la identificació de proteïnes presents a l'albúmina sèrica bovina (BSA).
Quines similituds hi ha entre la pàgina SDS i la pàgina nativa?
- Tant els sistemes SDS Page com Native Page utilitzen gel de poliacrilamida com a matriu del gel.
- Tots dos s'utilitzen per a la separació i identificació de proteïnes.
- Tots dos utilitzen la mobilitat electroforètica per separar els compostos.
- Tots dos es poden fer de manera vertical o horitzontal (sobretot com a configuracions de pàgina verticals perquè la durada és més gran).
- L'aparell d'electroforesi que inclou el dipòsit de gel, les pintes i la font d'alimentació és necessari per al funcionament d'ambdues tècniques.
- La visualització del gel es pot fer mitjançant mètodes de tinció en ambdues tècniques.
Quina diferència hi ha entre la pàgina SDS i la pàgina nativa?
Pàgina SDS vs pàgina nativa |
|
| La pàgina SDS o la pàgina Sodium-dodecilsulfate separa les proteïnes en funció del seu pes molecular i utilitza un gel desnaturalitzant. | La pàgina nativa utilitza gels no desnaturalitzants i separa les proteïnes en funció de la seva mida, càrrega i forma (conformació 3D). |
| Tipus de gel | |
| A la pàgina SDS s'utilitza un gel desnaturalitzant. | A la pàgina nativa s'utilitza un gel no desnaturalitzant. |
| Presència de SDS | |
| SDS està present com a detergent per impartir una càrrega negativa a la mostra de la pàgina SDS. | SDS no està present a la pàgina nativa. |
| Base de separació | |
| La separació de proteïnes depèn del pes molecular de la proteïna a la pàgina SDS. | La separació depèn de la mida i la forma de la molècula de proteïna a la pàgina nativa. |
| Estabilitat de la proteïna | |
| L'estabilitat de la proteïna és baixa a la pàgina SDS. | L'estabilitat de la proteïna és alta a la pàgina nativa. |
| Recuperació de la proteïna original | |
| No és possible perquè està desnaturalitzat a la pàgina SDS. | Possible a la pàgina nativa. |
Resum: pàgina SDS vs pàgina nativa
La pàgina SDS i la pàgina nativa són dos tipus de tècniques d'electroforesi en gel de poliacrilamida que s'utilitzen per separar proteïnes. SDS Page es tracta amb un detergent anomenat SDS. L'SDS imparteix una càrrega negativa global a la proteïna, que després provoca la desnaturalització de la proteïna. Per tant, les proteïnes es separen en funció del seu pes molecular. En canvi, la tècnica Native Page no utilitza cap agent desnaturalitzant. Així, les proteïnes es separen segons la seva mida o la forma. Aquesta és la diferència entre la pàgina SDS i la pàgina nativa.
