La diferència clau entre dNTP i ddNTP és que dNTP o desoxiribonucleòtids són els blocs de construcció de l'ADN i tenen un grup 3ʹ-OH a l'estructura del sucre pentosa, mentre que ddNTP o didesoxinucleòsids trifosfats són nucleòtids que no tenen grup 3ʹ-OH i s'utilitzen en la tècnica de seqüenciació d'ADN didesoxi de Sanger per produir seqüències d'ADN de longitud diferent.
dNTP i ddNTP són nucleòtids. dNTP es refereix als nucleòtids de desoxiribosa. Són els components bàsics de l'ADN. Els dNTP s'utilitzen per sintetitzar ADN. dNTP, en canvi, es refereix als trifosfats de didesoxinucleòsids. S'utilitzen en la seqüenciació de Sanger per acabar la síntesi d'ADN a diferents longituds. No tenen grup OH a la posició 3ʹ. Hi ha hidrogen a la posició 3ʹ en lloc del grup OH. Per tant, els ddNTP no poden formar un enllaç fosfodièster amb el següent nucleòtid. dNTP és capaç de dur a terme la síntesi d'ADN, mentre que ddNTP és capaç d'acabar la polimerització de l'ADN.
Què és dNTP?
dNTP significa nucleòtid de desoxiribosa o desoxiribonucleòtid. És el bloc de construcció de l'ADN. Hi ha quatre tipus de dNTP. Són dATP, dTTP, dCTP i dGTP. S'anomenen segons les bases nitrogenades puríniques o pirimidiniques: adenina (A), guanina (G), timina (T) i citosina (C).
Figura 01: dNTP
L'adenina i la guanina són bases puríniques mentre que la timina i la citosina són bases pirimidiniques. El sucre pentosa del dNTP és la desoxiribosa. També hi ha un grup fosfat. Per tant, el dNTP es compon de tres components: una base nitrogenada, sucre desoxiribosa i un grup fosfat. Aquests dNTP es combinen entre si mitjançant enllaços fosfodièster. En els dNTP, hi ha un grup OH unit a la posició 3ʹ del sucre pentosa que es requereix per formar un enllaç amb el grup fosfat unit al carboni 5ʹ del sucre del següent nucleòtid. Com que tots els dNTP tenen aquest grup 3ʹ -OH, són capaços de sintetitzar i estendre cadenes d'ADN. Per tant, dNTP actua com a unitat repetitiva bàsica de l'ADN i la matèria química dels gens. La síntesi d'ADN passa sempre de 5ʹ a 3ʹ.
Què és DdNTP?
La seqüenciació de Sanger és un mètode de seqüenciació d'ADN de primera generació desenvolupat per Frederick Sanger i els seus col·legis el 1977. També es coneix com a seqüenciació de terminació de cadena o seqüenciació dideoxi, ja que el principi bàsic d'aquest mètode és la terminació de la cadena mitjançant trifosfats de didesoxinucleòsids. (ddNTPs). Els ddNTP són nucleòtids utilitzats en la seqüenciació de Sanger. La seqüenciació de Sanger es basa en la incorporació selectiva de ddNTPs i la terminació de la síntesi d'ADN durant la replicació de l'ADN in vitro. L'especialitat dels ddNTP és que no tenen el grup 3ʹ-OH al sucre pentosa per continuar la formació d'enllaços fosfodièster entre el grup fosfat de 5ʹ al nucleòtid adjacent. Per tant, un cop s'uneix un ddNTP a la cadena que s'estén, l'allargament de la cadena s'atura i acaba des d'aquest punt. Els ddNTP actuen com a inhibidors de l'allargament de la cadena de l'ADN polimerasa durant el mètode de seqüenciació de Sanger.
Figura 02: ddNTP
Hi ha quatre ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP i ddTTP utilitzats en la seqüenciació de Sanger. Aquests nucleòtids aturen el procés de replicació de l'ADN quan s'incorporen a la cadena creixent d'ADN. Com a resultat, la seqüenciació de Sanger produeix longituds variables d'ADN curt. L'electroforesi capil·lar en gel s'utilitza per organitzar aquestes cadenes curtes d'ADN segons les seves mides en un gel. Els ddNTP estan marcats de manera radioactiva o fluorescent amb diferents colors per facilitar l'anàlisi de la seqüència d'ADN. Mitjançant l'anàlisi del gel, es pot determinar la seqüència de nucleòtids de la cadena d'ADN desconeguda.
Quines similituds hi ha entre dNTP i DdNTP?
- Tant dNTP com ddNTP s'utilitzen en la seqüenciació de Sanger.
- Hi ha quatre tipus de dNTP i ddNTP.
- Estan compostos per tres components: una base nitrogenada, sucre desoxirribosa i grups fosfat.
Quina diferència hi ha entre dNTP i DdNTP?
dNTP és un dels quatre tipus de desoxiribonucleòtids que són blocs de construcció de l'ADN. ddNTP és un dels quatre tipus de trifosfats de didesoxiribonucleòsids utilitzats en la tècnica de seqüenciació de Sanger. dNTP té un grup 3ʹ-OH al sucre pentosa mentre que ddNTP no té un grup 3ʹ-OH al sucre pentosa. Per tant, aquesta és la diferència clau entre dNTP i ddNTP. A més, els dNTP duen a terme la polimerització de l'ADN mentre que els ddNTP acaben la polimerització de l'ADN. Per tant, aquesta és una altra diferència important entre dNTP i ddNTP.
La infografia següent mostra les diferències entre dNTP i ddNTP en forma de taula.
Resum: dNTP vs DdNTP
Els dNTP normals són blocs de construcció d'ADN mentre que els ddNTP són nucleòtids utilitzats en la tècnica de seqüenciació de Sanger. dNTP té 3ʹ-OH mentre que ddNTP no té 3ʹ-OH. Per tant, aquesta és la diferència clau entre dNTP i ddNTP. A més, dNTP pot sintetitzar una cadena d'ADN mentre que ddNTP pot acabar la polimerització de l'ADN. Per tant, els ddNTP s'utilitzen en la seqüenciació de Sanger per tal de produir diferents cadenes d'ADN amb longituds variables. Durant la seqüenciació de Sanger, s'inclouen tant dNTP com ddNTP.
