La diferència clau entre LINE i SINE és que les LINE (elements nuclears llargs intercalats) són un tipus de retrotransposons no LTR més llargs, mentre que els SINE (elements nuclears curts intercalats) són un tipus de retrotransposons no LTR molt més curts.
Retrotransposons no LTR no contenen repeticions terminals llargues (LTR). Tanmateix, contenen gens per a la transcriptasa inversa, la proteïna d'unió a l'ARN, la nucleasa i el domini H de la ribonucleasa. Els retrotransposons no LTR tenen repeticions curtes. Aquestes repeticions tenen un ordre invertit de bases al costat de l' altre. A part d'això, els retrotransposons no LTR també tenen repeticions directes que es troben als transposons LRT. Els retrotransposons que no són LTR es divideixen en dues categories com LINEs i SINEs.
Què són les LINES?
Les LINEs (elements nuclears llargs intercalats) són retrotransposons no LTR més llargs. Estan molt estesos en els genomes dels eucariotes. Normalment representen el 21,1% del genoma humà. Cada LINE fa uns 7000 parells de bases de llargada. Les LINEs poden transcriure a ARNm i traduir-se en una proteïna que pot funcionar com a enzim de transcriptasa inversa. Aquesta transcriptasa inversa produeix còpies d'ADN de l'ARN de LINEs. Aquestes còpies d'ADN es poden integrar al genoma en un lloc nou.
Figura 01: LINES i SINEs
El genoma humà només té una LÍNIA abundant anomenada LÍNIA-1. L'element LINE-1 té una longitud d'uns 6000 parells de bases. Hi ha al voltant de 100.000 elements LINE-1 truncats al genoma humà. La mutació aleatòria pot ocórrer en LINEs. A causa de mutacions aleatòries, les LINEs poden degenerar. Ja no es transcriuen ni es tradueixen. A més, les LINES s'agrupen en cinc grups principals com L1, RTE, R2, I i jockey. Aquests cinc grups es subdivideixen en altres 28 clades.
Les LINEs normalment es propaguen a través d'un mecanisme anomenat mecanisme de transcripció inversa orientat a l'objectiu (TPRT). La inserció de LINEs provoca mal alties humanes com l'hemofília A, el càncer, els trastorns mendelians, etc. La hipometilació de les LINEs també desencadena certs tipus de càncer.
Què són els SINE?
SINEs (elements nuclears curts intercalats) són un tipus de retrotransposons no LTR molt més curts. Tenen entre 100 i 700 parells de bases de llargada. Els SINE també són elements d'ADN que s'amplifiquen a través dels genomes eucariotes mitjançant intermedis d'ARN. Els SINE representen al voltant del 13% del genoma dels mamífers. Les regions internes dels SINE s'originen a partir de l'ARNt. Es manté molt conservada. Sovint estan presents en moltes espècies de vertebrats i invertebrats. La variació del nombre de còpies i les mutacions als SINE es poden incorporar per construir la classificació de les espècies basada en la filogènia.
Els SINE es poden agrupar en tres tipus principals: CORE-SINE, V-SINE i AmnSINE. L'element Alu és el SINE més comú en els primats. A més, hi ha més de 50 mal alties humanes associades a la inserció de SINE. Quan s'insereixen dins o prop dels exons, poden provocar un empalmament inadequat o canviar el marc de lectura. Això condueix a fenotips de mal alties com el càncer de mama, càncer de còlon, leucèmia, hemofília, fibrosi quística, càncer de còlon, mal altia de Dent, neurofibromatosi, etc.
Quines similituds hi ha entre LINEs i SINEs?
- LINEs i SINEs són dos tipus de retrotransposons no LTR.
- Tots dos no tenen regions terminals llargues (LTR).
- Tots dos es troben predominantment només en eucariotes.
- Tots dos no són autònoms.
Quina diferència hi ha entre LINEs i SINEs?
Els LINE són retrotransposons no LTR més llargs, mentre que els SINE són retrotransposons no LTR molt més curts. Per tant, aquesta és la diferència clau entre LINEs i SINEs. A més, LINES codifica l'enzim transcriptasa inversa, mentre que SINE no codifica l'enzim transcriptasa inversa. Per tant, aquesta és una altra diferència entre LINEs i SINEs.
A continuació es mostren més diferències entre LINEs i SINE en forma de taula per comparar-les.
Resum: LINEs vs SINEs
Els retrotransposons es troben principalment a tots els eucariotes però absents als procariotes. Aproximadament, el 37% del genoma humà conté retrotransposons. Els retrotransposons són principalment de dos tipus: retrotransposons LTR i no LTR. Els retrotransposons no LTR no contenen repeticions terminals llargues (LTR), que estan presents als retrotransposons LTR. Els retrotransposons no LTR es divideixen a més en dues categories: LINEs i SINEs. Els LINEs són retrotransposons no LTR més llargs, mentre que els SINE són retrotransposons no LTR molt més curts. Per tant, aquest és el resum de la diferència entre LINEs i SINEs.
